<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 6, 2016 at 10:27 AM, Rainer M Krug <span dir="ltr"><<a href="mailto:Rainer@krugs.de" target="_blank">Rainer@krugs.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">Paulo van Breugel <<a href="mailto:p.vanbreugel@gmail.com">p.vanbreugel@gmail.com</a>> writes:<br>
<br>
> I by any stretch of imagination a developer, but I did use the<br>
> combination of shell or pythons script with R, basically following the<br>
> approach you described, having a python or shell script write a R<br>
> script to a text file and run it. I think it can work well, and not<br>
> that much harder to maintain. But I also would be very interested to<br>
> learn how to do this better. I also would be interested to see the<br>
> randomForest scripts you mentioned Steven, are you already sharing it<br>
> somewhere?<br>
><br>
> As you mentioned, there are probably many people using / writing R<br>
> scripts that interact with GRASS. For some it will be easier, or it<br>
> may be more logical for them, to turn these into R packages rather<br>
> than writing a GRASS addon.<br>
<br>
</span>I am one of those. I have thought about making a GRASS (or QGIS) addon /<br>
plugin, but I stayed with the R package. I have a complete simulation<br>
written in R which uses spatial data from GRASS, does simulations, and<br>
returns the results to GRASS.<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
To run the simulations in itself is a three liner in R.<br>
<span class=""><br>
> It would be nice if there would be some kind of repository where<br>
> people share such code (github perhaps?). I am sure there are existing<br>
> ones on e.g., github, so perhaps just a GRASS-wiki page listing<br>
> existing repositories would be enough. I know there is<br>
> <a href="https://grasswiki.osgeo.org/wiki/R_statistics" rel="noreferrer" target="_blank">https://grasswiki.osgeo.org/wiki/R_statistics</a>, but I don't think there<br>
> is an place on the GRASS website, wiki or trac to share/list R code?<br>
> Would this be of interest to create such page (on the Wiki perhaps?).<br>
<br>
</span>Different people use different repos (I use e.g. github and gitlab) so<br>
creating another place where I should publish my code would be not<br>
really an option. What would be an idea to make it easy (probably even<br>
easier even than editing a wiki page?) to add a repo to a list of<br>
projects which integrate R in GRASS or GRASS in R, and which could<br>
indicate the last commit to aser if the repos are current or just<br>
archives from e.g. papers or finished projects.<br></blockquote><div><br></div><div>+1 That would be something quick to implement. However, what form did you have in mind, if not a wiki page? I wouldn't mind creating such page, but perhaps first some further ideas on the best form from others as well.<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
My repo is private at the moment, but I plan to make it open in the next<br>
few weeks.<br>
<br>
A brief presentation about a very similar simulation model can be<br>
found at<br>
<br>
<a href="https://github.com/rkrug/INTECOL_2013_Optimizing" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/rkrug/INTECOL_2013_Optimizing</a><br>
<br>
<br></blockquote><div>Thanks for sharing, interesting. Looking forwards seeing some further code<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
My gitlab repos (most or all private at the moment) are at<br>
<br>
<a href="https://gitlab.com/rkrug/asm" rel="noreferrer" target="_blank">https://gitlab.com/rkrug/asm</a><br>
<br>
and the simulation is at (also still private but it will change soon)<br>
<br>
<a href="https://gitlab.com/rkrug/asm" rel="noreferrer" target="_blank">https://gitlab.com/rkrug/asm</a><br>
<br>
For reference, my github page is at<br>
<br>
<a href="https://github.com/rkrug" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/rkrug</a><br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Rainer<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
><br>
> Paulo<br>
><br>
><br>
> On 04-01-16 16:14, Steven Pawley wrote:<br>
>> Thank you Moritz,<br>
>><br>
>> Yes I have also had difficulties with Rpy2 apart from on<br>
>> Linux. Also, Rpy2 is quite onerous in terms of effort required to<br>
>> integrate R scripts into Python. Your solution certainly works, but<br>
>> as you mentioned it makes the R script harder to maintain. PypeR is<br>
>> another alternative and is straightforward to install and is simpler<br>
>> from a user perspective.<br>
>><br>
>> I would also be interested in hearing opinions from 'true'<br>
>> developers who have much greater expertise than myself in this area.<br>
>><br>
>> Kind regards,<br>
>><br>
>> Steve<br>
>><br>
>>> On Jan 4, 2016, at 2:31 AM, Moritz Lennert <<a href="mailto:mlennert@club.worldonline.be">mlennert@club.worldonline.be</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>>> On 04/01/16 10:28, Moritz Lennert wrote:<br>
>>>>> On 03/01/16 23:54, Steven Pawley wrote:<br>
>>>>> Like many R-GRASS users, I have a collection of R scripts that<br>
>>>>> interact with GRASS to perform various workflows. I have debated<br>
>>>>> about converting these to Python using Rpy2, although this package<br>
>>>>> can be a difficult to install on all platforms and depends on<br>
>>>>> specific versions of R and Python. I noticed that Moritz Lennert<br>
>>>>> recently developed a GRASS add on which consists of simply writing<br>
>>>>> out the R commands to a temporary script for R to run.<br>
>>>> [...]<br>
>>>>> Does this represent a desirable or even acceptable approach for<br>
>>>>> embedding R scripts into grass add ons, or is Rpy2 the 'official'<br>
>>>>> approach.<br>
>>>> I wouldn't consider my approach in any way official, but AFAIK, rpy2<br>
>>>> does not have any "official" status in GRASS either. In my particular<br>
>>>> case (v.class.mlR) this was a quick and dirty hack for a course I had to<br>
>>>> teach. The difficulty of getting rpy2 installed on the lab machines on<br>
>>>> short notice was one of the motivations not to use it. I also agree that<br>
>>>> dependency on rpy2 can be a nuisance and has caused me some headaches<br>
>>>> with other modules, before. However, the approach I used (and others<br>
>>>> have used before) is a bit unwieldy and makes maintaining such modules a<br>
>>>> bit of a pain.<br>
>>>><br>
>>>> So, I'm curious to hear the opinions of others...<br>
>>> See [1] for a related issue.<br>
>>><br>
>>> Moritz<br>
>>><br>
>>> [1] <a href="https://trac.osgeo.org/grass/ticket/1290" rel="noreferrer" target="_blank">https://trac.osgeo.org/grass/ticket/1290</a><br>
>> _______________________________________________<br>
>> grass-dev mailing list<br>
>> <a href="mailto:grass-dev@lists.osgeo.org">grass-dev@lists.osgeo.org</a><br>
>> <a href="http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/grass-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/grass-dev</a><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> grass-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:grass-dev@lists.osgeo.org">grass-dev@lists.osgeo.org</a><br>
> <a href="http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/grass-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/grass-dev</a><br>
<br>
</div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">--<br>
Rainer M. Krug<br>
email: Rainer<at>krugs<dot>de<br>
PGP: 0x0F52F982<br>
</font></span></blockquote></div><br></div></div>