<div dir="ltr">Hi Vaclav,<div>thanks a lot!</div><div>with the patch for the makefile in the repository I managed to solve the previous error. Now I am getting a different error apparently linked to some library conflict (same combination of libraries works in a different environment):</div><div><br></div><div><span style="font-family:monospace"><span style="color:rgb(0,0,0)">/home/user/conda3/envs/sg_py3_geo//lib//libspatialite.so.7: undefined reference to `GEOSFrechetDistance'
</span><br></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace">/home/user/c</span><span style="font-family:monospace">onda3/envs/sg_py3_geo//lib//libspatialite.so.7: undefined reference to `GEOSFrechetDistance_r'
<br></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace">/home/user/</span><span style="font-family:monospace">conda3/envs/sg_py3_geo//lib//libspatialite.so.7: undefined reference to `GEOSFrechetDistanceDensify'
<br></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace">/home/user/</span><span style="font-family:monospace">conda3/envs/sg_py3_geo//lib//libgdal.so.27: undefined reference to `GEOSMakeValid_r'
<br></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace">/home/user/</span><span style="font-family:monospace">conda3/envs/sg_py3_geo//lib//libspatialite.so.7: undefined reference to `GEOSFrechetDistanceDensify_r'<br></span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><span style="font-family:monospace">Tomorrow I will try again with a clean conda environment implementing all of your scripts.</span></div><div><span style="font-family:monospace">Thanks a lot!</span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><span style="font-family:monospace">Laura</span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 3 Aug 2021 at 15:32, Vaclav Petras <<a href="mailto:wenzeslaus@gmail.com">wenzeslaus@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi Laura,</div><div><br></div><div>See whether the following is helpful to you. It uses everything from conda and has some local fixes for iconv. I didn't test 7.8.5 specifically, only the 7.8 release branch.<br></div><div><br></div><div>GRASS GIS on HPC Henry2</div><div><a href="https://github.com/ncsu-geoforall-lab/grass-gis-on-hpc-henry2/" target="_blank">https://github.com/ncsu-geoforall-lab/grass-gis-on-hpc-henry2/</a></div><div><br></div><div>Some more comments:<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Aug 3, 2021 at 9:12 AM Laura Poggio <<a href="mailto:laura.poggio@gmail.com" target="_blank">laura.poggio@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br><div><div>I am trying to compile grass 7.8.5 in a conda environment (on centos7, managed HPC) adapting this instructions <a href="https://github.com/GRASS-GIS/grass-gis-experimental-ci/blob/conda-compile/configure.sh" target="_blank">here</a>.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Nobody touched that repo for a while, but development happened elsewhere. We have a CentOS 7 build partially using conda in the main repo's CI. However, my experience was that the CentOS 7 Docker container in CI was very different from the CentOS 7 environment on HPC which has many customizations.<br></div><div><br></div><div><a href="https://github.com/OSGeo/grass/blob/master/.github/workflows/centos.yml" target="_blank">https://github.com/OSGeo/grass/blob/master/.github/workflows/centos.yml</a></div><div><br></div><div>There is also a conda-based build for macOS, but that would need to be adapted </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>conda create -y -n $conda_env python=3.8.5<br>conda activate $conda_env<br>conda install -c conda-forge geos gdal==3.3.1 -y<br>conda install -c conda-forge pdal fftw -y<br>conda install -c biobuilds libxml2<br>conda install -c conda-forge libiconv<br></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>The GRASS GIS on Henry 2 repo has an environment file you can use.<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div></div><div><br></div><div>compile works well. make gives a lot of errors. When I run make again in one of the folder, I get this errors:</div><div><span style="font-family:monospace"><span style="color:rgb(0,0,0)">/home/user/grasspy3/grass-7.8.5/dist.x86_64-pc-linux-gnu/lib/<a href="http://libgrass_gis.7.8.so" target="_blank">libgrass_gis.7.8.so</a>: undefined reference to `libiconv'
</span><br>/home/user/grasspy3/grass-7.8.5/dist.x86_64-pc-linux-gnu/lib/<a href="http://libgrass_gis.7.8.so" target="_blank">libgrass_gis.7.8.so</a>: undefined reference to `libiconv_open'
<br>/home/user/grasspy3/grass-7.8.5/dist.x86_64-pc-linux-gnu/lib/<a href="http://libgrass_gis.7.8.so" target="_blank">libgrass_gis.7.8.so</a>: undefined reference to `libiconv_close'<br></span></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>I was not able to create a proper fix for GRASS GIS configuration, but the repo has a somewhat hacky patch applied locally which injects libiconv into more places.</div><div><br></div><div>Let me know how this goes. With the scripts in GRASS GIS on Henry 2, I can install new versions easily, but I would like to see it more streamlined with less local customizations.<br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Vaclav<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><span style="font-family:monospace"></span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><font face="monospace">I found this <a href="http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/Adding-path-iconv-library-to-configure-td5431037.html" target="_blank">answer</a>, but I am not sure how to continue from there. </font></div><div><font face="monospace">Thanks a lot</font></div><div><font face="monospace">Laura</font></div><div><br></div></div></div>
_______________________________________________<br>
grass-user mailing list<br>
<a href="mailto:grass-user@lists.osgeo.org" target="_blank">grass-user@lists.osgeo.org</a><br>
<a href="https://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/grass-user" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/grass-user</a><br>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div>