<div dir="auto"><div>Dear Regina<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I suspect that a possible cause for this problem is that PG 15 does not really preload the postgis-3 extension. This is why you have the output as myself that the MobilityDB extension failed at test 3/114. The output I sent you in the previous email was the log of this operation.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">How to test whether the PostGIS extension is fully loaded before running the SQL script of the MobilityDB extension ?</div><div dir="auto"><br></div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, May 23, 2022, 21:50 Regina Obe <<a href="mailto:lr@pcorp.us">lr@pcorp.us</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="m_6117114100474718625WordSection1"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d">Esteban,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d">I tried your branch and was able to do <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d">CREATE EXTENSION mobilitydb;<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d">It took longer than the PG14 install though for that to run.  Noticably slower but not a hug deal:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Consolas;color:#222222;letter-spacing:.1pt;background:white">CREATE EXTENSION Query returned successfully in 6 secs 898 msec.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Consolas;color:#222222;letter-spacing:.1pt;background:white"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Consolas;color:#222222;letter-spacing:.1pt;background:white">As far as running the tests, it fails for me too, but I’m not sure it’s targeting the right thing, is there a debug setting (sorry not too familiar with cmake).<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Consolas;color:#222222;letter-spacing:.1pt;background:white">I however did not bother pre-loading postgis-3, the PG14, PG15 tests I did worked without preload, but maybe it was because I had run some postgis stuff beforehand.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Consolas;color:#222222;letter-spacing:.1pt;background:white"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">Test project /home/robe/projects/MobilityDB/build<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">        Start   1: build<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">  1/114 Test   #1: build ..............................   Passed    0.35 sec<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">        Start   2: setup<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">  2/114 Test   #2: setup ..............................   Passed    5.03 sec<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">        Start   3: create_extension<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">  3/114 Test   #3: create_extension ...................***Failed   18.16 sec<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">        Start   5: load_tables<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">Failed test dependencies: create_extension<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">  4/114 Test   #5: load_tables ........................***Not Run   0.00 sec<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:16.0pt;font-family:"Lucida Console"">        Start   6: 001_period<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Consolas;color:#222222;letter-spacing:.1pt;background:white"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Consolas;color:#222222;letter-spacing:.1pt;background:white"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt"><div><div style="border:none;border-top:solid #e1e1e1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in"><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Regina Obe [mailto:<a href="mailto:lr@pcorp.us" target="_blank" rel="noreferrer">lr@pcorp.us</a>] <br><b>Sent:</b> Monday, May 23, 2022 11:49 AM<br><b>To:</b> 'Esteban Zimanyi' <<a href="mailto:estebanzimanyi@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">estebanzimanyi@gmail.com</a>><br><b>Cc:</b> 'SAKR Mahmoud' <<a href="mailto:mahmoud.sakr@ulb.be" target="_blank" rel="noreferrer">mahmoud.sakr@ulb.be</a>>; 'SCHOEMANS Maxime' <<a href="mailto:Maxime.Schoemans@ulb.be" target="_blank" rel="noreferrer">Maxime.Schoemans@ulb.be</a>>; '<a href="mailto:mobilitydb-dev@lists.osgeo.org" target="_blank" rel="noreferrer">mobilitydb-dev@lists.osgeo.org</a>' <<a href="mailto:mobilitydb-dev@lists.osgeo.org" target="_blank" rel="noreferrer">mobilitydb-dev@lists.osgeo.org</a>><br><b>Subject:</b> RE: [Mobilitydb-dev] Configuring for a Particular PostgreSQL on Ubuntu<u></u><u></u></span></p></div></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d">Great news.  Thanks.  I’ll give it another try. I’ll check on the tests.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d">I couldn’t run the tests when I changed to compile against PG14 (but queries ran fine), so I suspect the tests might be hard-wired to run against your default PostgreSQL, which in my case is PG15.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt"><div><div style="border:none;border-top:solid #e1e1e1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in"><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Esteban Zimanyi [<a href="mailto:estebanzimanyi@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">mailto:estebanzimanyi@gmail.com</a>] <br><b>Sent:</b> Monday, May 23, 2022 11:38 AM<br><b>To:</b> Regina Obe <<a href="mailto:lr@pcorp.us" target="_blank" rel="noreferrer">lr@pcorp.us</a>><br><b>Cc:</b> SAKR Mahmoud <<a href="mailto:mahmoud.sakr@ulb.be" target="_blank" rel="noreferrer">mahmoud.sakr@ulb.be</a>>; SCHOEMANS Maxime <<a href="mailto:Maxime.Schoemans@ulb.be" target="_blank" rel="noreferrer">Maxime.Schoemans@ulb.be</a>><br><b>Subject:</b> Re: [Mobilitydb-dev] Configuring for a Particular PostgreSQL on Ubuntu<u></u><u></u></span></p></div></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">Dear Regina<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Many thanks for giving such detailed feedback for solving the issue of the pg_atoi missing function in PG_15. For a quick solution I have copy/pasted the original function that I only enable if PG version >= 15.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><a href="https://github.com/estebanzimanyi/MobilityDB/blob/pgcall/src/point/tpoint.c#L49" target="_blank" rel="noreferrer">https://github.com/estebanzimanyi/MobilityDB/blob/pgcall/src/point/tpoint.c#L49</a><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Now I can compile and use MobilityDB on PG 15 and PGIS 3.3 without any problem<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">esteban@ESTEBAN-WORKSTATION:~/src/MobilityDB/build$ psql test<br>psql (15beta1)<br>Type "help" for help.<br><br>test=# create extension mobilitydb cascade;<br>NOTICE:  installing required extension "postgis"<br>CREATE EXTENSION<br>test=# select mobilitydb_full_version();<br>               mobilitydb_full_version<br>-----------------------------------------------------<br> MobilityDB 1.0.0, PostgreSQL 15beta1, PostGIS 3.3.0<br>(1 row)<br><br>test=# select tintersects(tgeompoint '[Point(1 1)@2000-01-01, Point(3 3)@2000-01-03]',<br>  tgeompoint '[Point(1 3)@2000-01-01, Point(3 1)@2000-01-03]');<br>                                                 tintersects<br>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br> {[f@2000-01-01 00:00:00+01, t@2000-01-02 00:00:00+01], (f@2000-01-02 00:00:00+01, f@2000-01-03 00:00:00+01]}<br>(1 row)<br><br>test=#<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">However, I cannot run the MobilityDB regression tests<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">esteban@ESTEBAN-WORKSTATION:~/src/MobilityDB/build$ make test<br>Running tests...<br>Test project /home/esteban/src/MobilityDB/build<br>        Start   1: build<br>  1/114 Test   #1: build ..............................   Passed    0.17 sec<br>        Start   2: setup<br>  2/114 Test   #2: setup ..............................   Passed    2.97 sec<br>        Start   3: create_extension<br>  3/114 Test   #3: create_extension ...................***Failed   16.41 sec<br>        Start   5: load_tables<br>Failed test dependencies: create_extension<u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal">despite I have modified the postgresql.conf file as required by setting <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">shared_preload_libraries = 'postgis-3'<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I have the following errors in the file <a rel="noreferrer">\\wsl$\Ubuntu\home\esteban\src\MobilityDB\build\tmptest\log\create_ext.log</a><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">...<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17652: NOTICE:  argument type stbox is only a shell<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17736: ERROR:  type box2d does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17740: ERROR:  type box3d does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17744: ERROR:  type geometry does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17748: ERROR:  type geography does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17768: ERROR:  type geometry does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17772: ERROR:  type geography does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17776: ERROR:  type geometry does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17780: ERROR:  type geography does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17782: ERROR:  type "box2d" does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17783: ERROR:  type "box3d" does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17784: ERROR:  type "geometry" does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17785: ERROR:  type "geography" does not exist<br>psql:/home/esteban/src/MobilityDB/build/test_mobilitydb--1.0.0.sql:17800: NOTICE:  type "geometry" is not yet defined<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">...<u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Do you have any idea why this is the case ?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Many thanks for your help<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Esteban<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">On Sun, May 22, 2022 at 9:12 PM Regina Obe <<a href="mailto:lr@pcorp.us" target="_blank" rel="noreferrer">lr@pcorp.us</a>> wrote:<u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><p class="MsoNormal">I have multiple versions of PostgreSQL installed on my Ubuntu server.<br><br>I can't figure out how to install against a particular version.<br><br>I've tried this:<br><br>cd MobilityDB<br>export PGVER=14<br>export PGPATH=/usr/lib/postgresql/${PGVER}<br>export PATH=$PATH:/usr/lib/postgresql/${PGVER}/bin<br>rm -rf build<br>mkdir build<br>cd build<br>cmake  -DPOSTGRES_PG_CONFIG=$PGPATH/bin/pg_config  ..<br><br>and I tried this:<br><br>cd MobilityDB<br>export PGVER=14<br>export PGPATH=/usr/lib/postgresql/${PGVER}<br>export PATH=$PATH:/usr/lib/postgresql/${PGVER}/bin<br>rm -rf build<br>mkdir build<br>cd build<br>cmake  -DPOSTGRES_PG_CONFIG=$PGPATH/bin/pg_config  ..<br><br><br>#I also explicitly tried setting the POSTGRESQL_BIN_DIR via cmake.<br>Regardless what I do it still outputs:<br><br>-- POSTGRESQL_VERSION_MAJOR=15<br>-- POSTGRESQL_VERSION_MINOR=0<br>-- POSTGRESQL_BIN_DIR: /usr/lib/postgresql/15/bin<br>-- POSTGRESQL_INCLUDE_DIR: /usr/include/postgresql/15/server<br>-- POSTGRESQL_LIBRARIES: /usr/lib/aarch64-linux-gnu<br>-- POSTGRESQL_SHARE_DIR: /usr/share/postgresql/15<br>-- POSTGRESQL_DYNLIB_DIR: /usr/lib/postgresql/15/lib<br>-- POSTGRESQL_VERSION: 15.0<br><br>As I mentioned in this issue, mobilitydb does not work against PostgreSQL 15<br><br><a href="https://github.com/MobilityDB/MobilityDB/issues/218" target="_blank" rel="noreferrer">https://github.com/MobilityDB/MobilityDB/issues/218</a><br><br>Thanks,<br>Regina<br><br><br><br>_______________________________________________<br>Mobilitydb-dev mailing list<br><a href="mailto:Mobilitydb-dev@lists.osgeo.org" target="_blank" rel="noreferrer">Mobilitydb-dev@lists.osgeo.org</a><br><a href="https://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/mobilitydb-dev" target="_blank" rel="noreferrer">https://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/mobilitydb-dev</a><u></u><u></u></p></blockquote></div></div></div></div></div></blockquote></div></div></div>