Paul  & Martin,<br><br>Thanks again for your great suggestions and feedback; I'll try setting up a script to spread the computations out over multiple cores and see what happens.<br><br>In the meantime, in case you or anyone else wants to experiment with the data I've been using, I've packaged it up and made it available for download here:<br>
<br><div style="margin-left: 40px;"><a href="http://drought.nemac.unca.edu/download/basinrain.tgz">http://drought.nemac.unca.edu/download/basinrain.tgz</a><br><br></div>That tarball contains two shapefiles --- one for the drainage basins and one for the rainfall polygons, and  README file summarizing what I'm trying to do.<br>
<br>One idea that just occurred to me, which I haven't had time to actually try yet, would be to first split the rain polygons into smaller pieces, perhaps by intersecting them with some moderate-sized rectangular grid.    In general these "rain polygons" are large complicated multipolygons  with a lot of holes.  It seems conceivable to me that if they were in smaller chunks, the total processing time for my computation might possibly go down, because each actual intersection/area calculation would involve a lower number of vertices.  Of course this would be at the expense of a larger number of such calculations, so it's not totally clear that it would help, but it seems like it might, especially since the spatial index will eliminate a bunch of unnecessary calculations.  I'll give this a  try when I can find the time and see what happens.  In the meantime, if anyone has any thoughts about whether this kind of thing would help, let me know!<br>
<br>Thanks again,<br><br>--Mark<br><br><br>