<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi guys<br><br></div>Thanks for all the info on this.<br><br></div>I have reverted my one Mac to Mavericks, as I want to test the Horao plugin on Mac, and Openscenegraph does not play nicely with El Cap and from what I heard also Yosemite.<br><br></div>I'll leave El Cap on my other Mac, and see what this does.<br><br></div>SIP was disabled on this machine for Grass install, but I will do the linking later and also test out your recommendations.<br><br></div>Pieter<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 7, 2016 at 8:38 PM, Agustin Diez-Castillo <span dir="ltr"><<a href="mailto:gvsig.mac@gmail.com" target="_blank">gvsig.mac@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Thanks for pointing me in the right direction. Following instructions at the grass for mac wikidot I've disabled [1] the System Integrity Protection feature and later on I’ve linked my R and Rscript at /usr/local/bin to /usr/bin<div><div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo">sudo ln -s /usr/local/bin/R</div><p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;min-height:13px">sudo ln -s /usr/local/bin/Rscript Rscript</p><div>Now R is working from Qgis at el Capitan</div><div>Merci</div><div>PS Maybe is a good idea to put the trick at the Qgis wiki.</div><div> [1] <a href="http://grassmac.wikidot.com" target="_blank">http://grassmac.wikidot.com</a><div><div class="h5"><br><div><blockquote type="cite"><div>On 07 Mar 2016, at 18:43, gene <<a href="mailto:martin.laloux@gmail.com" target="_blank">martin.laloux@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div>The test is done in the lines 179-200 in the script Rutils.py.  It consists<br>in running the shell command <br><br>command = ['R --version'] with processing <br><br> proc = subprocess.Popen(<br>            command,<br>            shell=True,<br>            stdout=subprocess.PIPE,<br>            stdin=open(os.devnull),<br>            stderr=subprocess.STDOUT,<br>            universal_newlines=True,<br>        ).stdout<br>for line in iter(proc.readline, ''):<br>    if 'R version' in line:<br>         settings.setValue(R_INSTALLED, True)<br>         return<br><br>The result in my  shell is <br><br>$ R --version<br>WARNING: ignoring environment value of R_HOME<br>R version 3.2.2 (2015-08-14) -- "Fire Safety"<br>Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing<br>Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)<br>....<br><br>Therefore, it is an R problem with El Capitan and not a Kyngchaos build <br>problem <br>The problem of El Capitan is that only Apple is allowed to install software<br>under /usr/bin (only /usr/local/bin)  and the R (R, Rscript) executables are<br>in  /usr/bin. This affects also MacTeX and XQuartz (because of the new <br>System Integrity Protection  (SIP)<br><<a href="https://support.apple.com/en-us/HT204899" target="_blank">https://support.apple.com/en-us/HT204899</a>>  )<br><br>Therefore, it is an R problem and not a Kyngchaos build  problem ( the<br>problem of R with El Capitan  has been resolved)<br><br><br><br><br>--<br>View this message in context: <a href="http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/R-in-QGIS-on-OSX-using-Kyngchaos-build-tp5254567p5254940.html" target="_blank">http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/R-in-QGIS-on-OSX-using-Kyngchaos-build-tp5254567p5254940.html</a><br>Sent from the Quantum GIS - User mailing list archive at <a href="http://nabble.com" target="_blank">Nabble.com</a>.<br>_______________________________________________<br>Qgis-user mailing list<br><a href="mailto:Qgis-user@lists.osgeo.org" target="_blank">Qgis-user@lists.osgeo.org</a><br>List info: <a href="http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/qgis-user" target="_blank">http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/qgis-user</a><br>Unsubscribe: <a href="http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/qgis-user" target="_blank">http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/qgis-user</a></div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
Qgis-user mailing list<br>
<a href="mailto:Qgis-user@lists.osgeo.org">Qgis-user@lists.osgeo.org</a><br>
List info: <a href="http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/qgis-user" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/qgis-user</a><br>
Unsubscribe: <a href="http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/qgis-user" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/qgis-user</a><br></blockquote></div><br></div>