[Francophone] Geosource down après upgrade de la jvm

Jonathan Maura jonathan.maura at bluecham.net
Wed Jul 29 21:17:42 EDT 2009 

Bonjour à tous,
Je rencontre actuellement un bon problème j'ai par mégarde mis a jour ma 
jvm (rahhhh!) et je me retrouve avec un plantage total de mon appli 
geosource. Le tomcat tourne toujours mais impossible de lancer la 
webapps. Des test montrent un fonctionnement normal avec geoserver
Ci dessous les détails de système et les logs de démarrage de tomcat! 
(désolé d'avance pour le bloc!)

Pour le résumé des aventures : malgré 1_ une réinstalation totale , 2_ 
l'augmentation du nombre de "file" potentiellement ouvertes, la webapps 
plante toujours. Un processus ne ferme pas les file et il s'agit de 
lucene. Que faire?
Vu le peu de cheveux qui me reste, je remercie d'avance toutes les 
bonnes volontés me filant un coup de patte!

Bonne journée à vous.
*
PRB : *Erreur de la webapps suite à l'upgrade de la jvm
sun-java6-bin (6-13-1) to 6-14-0ubuntu1.9.04
sun-java6-jdk (6-13-1) to 6-14-0ubuntu1.9.04
sun-java6-jre (6-13-1) to 6-14-0ubuntu1.9.04*

Contexte :*

    * Ubuntu 9.04 server
    * JVM : java version "1.6.0_14"
      Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_14-b08)
      Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
    * Tomcat 6.0.18
    * Geosource 2.2-0
    * Postgresql 8.3
    * xalan 2_7_1

Démarrage de tomcat ok
Tomcat manager webapps fonctionnant = true Commands=start
sur : http://xxx/geonetwork


  Etat HTTP 400 - Cannot build ServiceRequest Cause : null Error :
  java.lang.NullPointerException Stack : java.lang.NullPointerException

------------------------------------------------------------------------

*type* Rapport d'???tat

*message* _Cannot build ServiceRequest Cause : null Error : 
java.lang.NullPointerException Stack : java.lang.NullPointerException _

*description* _La requ???te envoy???e par le client ???tait 
syntaxiquement incorrecte (Cannot build ServiceRequest Cause : null 
Error : java.lang.NullPointerException Stack : 
java.lang.NullPointerException )._



*logs Catalina:*30 juil. 2009 11:13:27 
org.apache.coyote.http11.Http11Protocol init
INFO: Initialisation de Coyote HTTP/1.1 sur http-8080
30 juil. 2009 11:13:27 org.apache.catalina.startup.Catalina load
INFO: Initialization processed in 483 ms
30 juil. 2009 11:13:27 org.apache.catalina.users.MemoryUserDatabase save
ATTENTION: User database is not persistable - no write permissions on 
directory
30 juil. 2009 11:13:27 org.apache.catalina.core.StandardService start
INFO: D???marrage du service Catalina
30 juil. 2009 11:13:27 org.apache.catalina.core.StandardEngine start
INFO: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/6.0.18
30 juil. 2009 11:13:34 
org.geotools.data.shapefile.indexed.IndexedShapefileDataStore <init>
GRAVE: null
30 juil. 2009 11:13:34 org.geotools.factory.FactoryRegistry scanForPlugins
ATTENTION: chec lors de l'initialisation d'un service de catgorie 
"CoordinateOperationFactory". La cause est "NoClassDefFoundError: 
javax/vecmath/SingularMatrixException".
30 juil. 2009 11:13:34 org.geotools.factory.FactoryRegistry scanForPlugins
ATTENTION: chec lors de l'initialisation d'un service de catgorie 
"CoordinateOperationFactory". La cause est "NoClassDefFoundError: 
javax/vecmath/SingularMatrixException".
30 juil. 2009 11:13:34 org.geotools.data.shapefile.ShapefileDataStore 
createSchema
ATTENTION: PRJ file not generated for null CoordinateReferenceSystem
30 juil. 2009 11:13:38 org.geotools.factory.FactoryRegistry scanForPlugins
ATTENTION: chec lors de l'initialisation d'un service de catgorie 
"ConverterFactory". La cause est "NoClassDefFoundError: 
org/apache/commons/beanutils/Converter".
30 juil. 2009 11:13:58 org.apache.coyote.http11.Http11Protocol start
INFO: D???marrage de Coyote HTTP/1.1 sur http-8080
30 juil. 2009 11:13:58 org.apache.catalina.startup.Catalina start
INFO: Server startup in 30911 ms
30 juil. 2009 11:14:11 org.apache.tomcat.util.net.JIoEndpoint$Acceptor run
GRAVE: Socket accept failed
java.net.SocketException: Too many open files
    at java.net.PlainSocketImpl.socketAccept(Native Method)
    at java.net.PlainSocketImpl.accept(PlainSocketImpl.java:390)
    at java.net.ServerSocket.implAccept(ServerSocket.java:453)
    at java.net.ServerSocket.accept(ServerSocket.java:421)
    at 
org.apache.tomcat.util.net.DefaultServerSocketFactory.acceptSocket(DefaultServerSocketFactory.java:61)
    at 
org.apache.tomcat.util.net.JIoEndpoint$Acceptor.run(JIoEndpoint.java:310)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)
30 juil. 2009 11:14:11 org.apache.tomcat.util.net.JIoEndpoint$Acceptor run
GRAVE: Socket accept failed
java.net.SocketException: Too many open files
    at java.net.PlainSocketImpl.socketAccept(Native Method)
    at java.net.PlainSocketImpl.accept(PlainSocketImpl.java:390)
    at java.net.ServerSocket.implAccept(ServerSocket.java:453)
    at java.net.ServerSocket.accept(ServerSocket.java:421)
    at 
org.apache.tomcat.util.net.DefaultServerSocketFactory.acceptSocket(DefaultServerSocketFactory.java:61)
    at 
org.apache.tomcat.util.net.JIoEndpoint$Acceptor.run(JIoEndpoint.java:310)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)


... répéter x fois!!!!

*logs localhost:*
30 juil. 2009 11:13:58 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
INFO: HTMLManager: init: Associated with Deployer 
'Catalina:type=Deployer,host=localhost'
30 juil. 2009 11:13:58 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
INFO: HTMLManager: init: Global resources are available
30 juil. 2009 11:13:58 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
INFO: HTMLManager: list: Listing contexts for virtual host 'localhost'
30 juil. 2009 11:14:02 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
INFO: HTMLManager: sessions: Session action 'null' for web application 
at '/geonetwork'
30 juil. 2009 11:14:05 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
INFO: HTMLManager: sessions: Session action 'invalidateSessions' for web 
application at '/geonetwork'
30 juil. 2009 11:14:05 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
INFO: HTMLManager: Invalidating session id 650022B768E909A6350779E7D27AF39A
30 juil. 2009 11:14:05 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
INFO: HTMLManager: Invalidating session id 01A950D28527F3E2FF8BE64A89029D30
30 juil. 2009 11:14:05 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
INFO: HTMLManager: WARNING: unknown sort order: null
30 juil. 2009 11:14:11 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
INFO: HTMLManager: list: Listing contexts for virtual host 'localhost'
30 juil. 2009 11:14:12 org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve invoke
GRAVE: "Servlet.service()" pour la servlet gn-servlet a g???n???r??? une 
exception
java.lang.NullPointerException

Mesure prise : augmenter le "number of maximum file" de 75000 à 100000 
puis 200000
cat /proc/sys/fs/file-max
200000
Mais l'augmentation du nombre de file ouverte n'est certainement pas la 
solution , d'ailleurs ça plante toujours.
J'ai donc pisté les process avec "lsof -r | grep geonetwork "
Et la, le coupable est Lucene le moteur non spatial qui tourne en 
boucle, notamment :

jsvc      3544    tomcat6  975r      REG              252,2      4405    
1883077 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3re.cfs
jsvc      3544    tomcat6  976r      REG              252,2      2836    
1883076 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rd.cfs
jsvc      3544    tomcat6  977r      REG              252,2    768616    
1883075 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rc.cfs
jsvc      3544    tomcat6  978r      REG              252,2      1973    
1883079 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rg.cfs
jsvc      3544    tomcat6  979r      REG              252,2      2133    
1883078 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rf.cfs
jsvc      3544    tomcat6  980r      REG              252,2      4405    
1883077 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3re.cfs
jsvc      3544    tomcat6  981r      REG              252,2      2836    
1883076 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rd.cfs
jsvc      3544    tomcat6  982r      REG              252,2    768616    
1883075 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rc.cfs
jsvc      3544    tomcat6  983r      REG              252,2      2545    
1883080 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rh.cfs
jsvc      3544    tomcat6  984r      REG              252,2      1973    
1883079 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rg.cfs
jsvc      3544    tomcat6  985r      REG              252,2      2133    
1883078 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rf.cfs
jsvc      3544    tomcat6  986r      REG              252,2      4405    
1883077 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3re.cfs
jsvc      3544    tomcat6  987r      REG              252,2      2836    
1883076 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rd.cfs
jsvc      3544    tomcat6  988r      REG              252,2    768616    
1883075 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rc.cfs
jsvc      3544    tomcat6  989r      REG              252,2      4012    
1883081 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3ri.cfs
jsvc      3544    tomcat6  990r      REG              252,2      2545    
1883080 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rh.cfs
jsvc      3544    tomcat6  991r      REG              252,2      1973    
1883079 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rg.cfs
jsvc      3544    tomcat6  992r      REG              252,2      2133    
1883078 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rf.cfs
jsvc      3544    tomcat6  993r      REG              252,2      4405    
1883077 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3re.cfs
jsvc      3544    tomcat6  994r      REG              252,2      2836    
1883076 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rd.cfs
jsvc      3544    tomcat6  995r      REG              252,2    768616    
1883075 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rc.cfs
jsvc      3544    tomcat6  996r      REG              252,2      1840    
1883082 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rj.cfs
jsvc      3544    tomcat6  997r      REG              252,2      4012    
1883081 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3ri.cfs
jsvc      3544    tomcat6  998r      REG              252,2      2545    
1883080 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rh.cfs
jsvc      3544    tomcat6  999r      REG              252,2      1973    
1883079 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rg.cfs
jsvc      3544    tomcat6 1000r      REG              252,2      2133    
1883078 
/usr/local/geosource/web/geonetwork/WEB-INF/lucene/nonspatial/_3rf.cfs

Alors des idées?
Merci d'avance,
Jonathan

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