<!DOCTYPE html><html><head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->

<style type="text/css">body { font-family:'Times New Roman'; font-size:13px}</style>
</head>
<body lang="FR" link="blue" vlink="purple"><div><br></div><blockquote style="margin: 0 0 0.80ex; border-left: #0000FF 2px solid; padding-left: 1ex"><div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Thanks a lot for your advices, my changes are already separated in different local GIT commits, so I plan to deliver them into separated patches/tickets
 (I already did it for change 7 related to ticket #5291).</span></p></div></blockquote><div><br></div><div>Hi Julien,</div><div><br></div><div>Please note that I had to reopen #5291 because unfortunately your patch, although it works, makes the reading unbearably slow.</div><div><br></div><div><br></div><div>Joaquim</div><div><br></div><div><br></div><blockquote style="margin: 0 0 0.80ex; border-left: #0000FF 2px solid; padding-left: 1ex"><div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">But I discussed with Even and before deliver the patches I have to add unit tests for each patch (especially for new features), but unfortunately
 I don’t have a lot of free time to do this for the moment...</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Cheers,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Julien</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">De :</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Etienne Tourigny [mailto:etourigny.dev@gmail.com]
<br>
<b>Envoyé :</b> lundi 30 mars 2015 03:52<br>
<b>À :</b> Julien Demaria<br>
<b>Cc :</b> gdal-dev@lists.osgeo.org<br>
<b>Objet :</b> Re: [gdal-dev] NetCDF driver improvements (including groups support)</span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Julien</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">These improvements look really great!  </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Unfortunately I am on a long-term vacation and semi-retired from my GIS work. So I am sorry but I cannot really help on testing and committing the work...</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">That is why I did not respond sooner.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">As the last "official" netcdf maintainer I should at least give some comments.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Perhaps Even can test the patches and commit them, or someone could step in as a new netcdf maintainer.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If it is possible, It would be best to separate these improvements into a number of patches. In any case you should add your patch(es) to a number of new gdal trac ticket(s) (or existing ticket if it fixes a bug).  I did significant improvements
 some time ago and I understand that it is hard to separate these improvements in several patches, so I don't think it is absolutely necessary to split them up - but it helps debugging any regressions. Especially the groups support, I/O improvements and NASA
 products should have independent patches and tickets.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Regarding 10) it would be best to maintain backwards compatibility, but if the issue is only with 1D dataset I don't think it matters that much.</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Cheers,</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Etienne</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Thu, Feb 5, 2015 at 11:10 PM, Julien Demaria <<a href="mailto:Julien.Demaria@acri-st.fr" target="_blank">Julien.Demaria@acri-st.fr</a>> wrote:</p>
<p class="MsoNormal">Hi GDAL team,<br>
<br>
I've implemented several improvements to the NetCDF driver and I would like to provide them to the community.<br>
Main goal of the changes is to add full support of NetCDF-4 including groups.<br>
NetCDF-4 is the future format of ESA Sentinel-3 products (no groups) and NASA Ocean Color team is switching their L2/L3 products to NetCDF-4 with groups (VIIRS has already switched to the new format in December).<br>
With the changes NASA L2 products geolocation is automatically handled as geolocation arrays and can be reprojected using gdalwarp.<br>
<br>
I validated with autotests that nothing is broken in tests netcdf.py (excepting test 13 but see my point 5), netcdf_cf.py and hdf5.py, using NetCDF-3 and 4 libraries.<br>
I've also tested the new functionalities on various NetCDF-4 files.<br>
I think the only possible regression could be for marginal cases where a file was seen directly as a dataset and is now seen as multiple subdatasets (for example if a file has only one var in the top group and has nested groups containing variables), but I
 think this is not very common.<br>
<br>
For the moment I have all these changes in local GIT separated commits on the latest gdal-1.11 branch, let me know what changes you want and how can I provide them.<br>
<br>
Changes :<br>
<br>
1) Implement full support for NetCDF-4 groups on reading:<br>
    - explore recursively all nested groups to create the subdatasets list<br>
    - subdatasets in nested groups use the /group1/group2/.../groupn/var standard<br>
      NetCDF-4 convention, excepting for variables in the root group which do not<br>
      have a leading slash for backward compatibility<br>
    - when accessing a subdataset using NETCDF:$file:$path, the leading slash is optional<br>
    - global attributes of each nested group are also collected in the GDAL dataset<br>
      metadata, using the same convention /group1/group2/.../groupn/NC_GLOBAL#attr_name,<br>
      excepting for the root group which do not have a leading slash for backward compatibility<br>
    - when searching for a variable containing auxiliary information on the selected subdataset,<br>
      like coordinate variables or grid_mapping, we now also search in parent groups (using NCDFResolveVar).<br>
      I now this is something not specified at this time in the CF convention because CF does not know groups,<br>
      but it seems logical to me to support this: NetCDF-4 specifies that dimensions of a group are<br>
      shared to its nested groups, so associated coordinate variables could be defined as the same level of its<br>
      corresponding dimension.<br>
    - reference to coordinate variables using the "coordinates" attribute support now also absolute paths,<br>
      this allow for example to specify coordinate variables located outside the group of the selected variable<br>
      or its parents. Relative paths could be implemented if needed.<br>
      This feature is used to add support for new NASA Ocean Color L2 products.<br>
<br>
2) Implement full read/write support for new NetCDF4 types NC_UBYTE, NC_USHORT, NC_UINT and NC_STRING, only if NETCDF_HAS_NC4 is defined (and only if format=NC4 for writing).<br>
    Support implemented for variables and attributes.<br>
    NC_STRING type is supported for reading (scalar and arrays) attributes and is used for writing only for array attributes (scalar are still written as NC_CHAR).<br>
    If NETCDF_HAS_NC4 is not defined or format!=NC4, NC_STRING array attributes are written as a single NC_CHAR string using the GDAL {v1,v2,...} convention.<br>
    Add missing support for NC_BYTE in CreateBandMetadata() and NC_BYTE/SHORT in NCDFPut1DVar().<br>
<br>
3) Add support for new NASA Ocean Color L2 products and ESA Sentinel-3 L1 or<br>
    L2 products which use the NetCDF-4 format (with groups for NASA, see<br>
    <a href="http://oceancolor.gsfc.nasa.gov/DOCS/FormatChange.html" target="_blank">
http://oceancolor.gsfc.nasa.gov/DOCS/FormatChange.html</a>):<br>
    - NASA products: simulate a "coordinates" variable attribute to detect CF<br>
      geolocation arrays, and set bBottomUp to FALSE<br>
    - ESA products: set bBottomUp to FALSE and disable warning on missing<br>
      Conventions attribute<br>
<br>
4) Fix bug #4554 with a more generic solution by disabling the installation of the HDF5 atexit() cleanup routine using H5dont_atexit().<br>
    Previous fix was to call GDALExit() (for the moment only defined gdalwarp.cpp) at the end of every program, which is more painful.<br>
<br>
5) Fix implementation of GetScale/Offset to not always return pbSuccess=TRUE.<br>
    Fix CopyMetadata to handle bands with only scale or offset.<br>
    ==> WARNING this commit breaks the autotest netcdf_13 (check for scale/offset = 1.0/0.0 if no scale or offset is available), but for me it is not logical to return always pbSuccess=TRUE<br>
<br>
6) Optimize IReadBlock() and CheckData() handling of partial blocks in the x axis by re-using the GDAL block buffer instead of allocating a new temporary buffer for each block.<br>
<br>
7) Force block size to 1 scanline for bottom-up datasets if nBlockYSize != 1 instead of raising a fatal error<br>
    ==> Solve a recent problem raised on the mailing list<br>
<br>
8) Implement Get/SetUnitType using the standard "units" NetCDF attribute<br>
<br>
9) Change default block size to 256x256 instead of scanline (only affect file without NetCDF chunking)<br>
    ==> because I think this is better for a random access to the data, but I'm not sure if the community want this change which could impact performances<br>
<br>
10) I've also implemented for my needs support for 1D variables by simulating 2D datasets with only one row (dimensionless variables are not supported for the moment),<br>
       but this breaks backward compatibility because files containing only one variable and associated 1D coordinate variables are now seen as multiple sub datasets...<br>
       and maybe this is not the goal of GDAL to give access to not-2D-raster variables (but sometimes it's useful ;-) )<br>
<br>
Thanks for GDAL!<br>
<br>
Julien<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gdal-dev mailing list<br>
<a href="mailto:gdal-dev@lists.osgeo.org" target="_blank">gdal-dev@lists.osgeo.org</a><br>
<a href="http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/gdal-dev" target="_blank">http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/gdal-dev</a></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote><br><br><br></body></html>