[GRASS-SVN] r47528 - in grass/trunk/raster3d: . r3.mask r3.null
svn_grass at osgeo.org
svn_grass at osgeo.org
Wed Aug 10 06:58:01 EDT 2011
Author: martinl
Date: 2011-08-10 03:58:01 -0700 (Wed, 10 Aug 2011)
New Revision: 47528
Added:
grass/trunk/raster3d/r3.mask/
grass/trunk/raster3d/r3.mask/Makefile
grass/trunk/raster3d/r3.mask/main.c
grass/trunk/raster3d/r3.mask/r3.mask.html
grass/trunk/raster3d/r3.null/
grass/trunk/raster3d/r3.null/Makefile
grass/trunk/raster3d/r3.null/main.c
grass/trunk/raster3d/r3.null/r3.null.html
grass/trunk/raster3d/r3.null/test.r3.null.sh
grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_double_1.ref
grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_double_2.ref
grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_double_null_1.ref
grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_double_null_2.ref
grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_float_1.ref
grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_float_2.ref
grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_float_null_1.ref
grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_float_null_2.ref
Removed:
grass/trunk/raster3d/base/
Log:
raster3d: split base into r3.mask and r3.null
Property changes on: grass/trunk/raster3d/r3.mask
___________________________________________________________________
Added: svn:ignore
+ OBJ.*
Added: grass/trunk/raster3d/r3.mask/Makefile
===================================================================
--- grass/trunk/raster3d/r3.mask/Makefile (rev 0)
+++ grass/trunk/raster3d/r3.mask/Makefile 2011-08-10 10:58:01 UTC (rev 47528)
@@ -0,0 +1,10 @@
+MODULE_TOPDIR = ../..
+
+PGM=r3.mask
+
+LIBES = $(GPDELIB) $(G3DLIB) $(GISLIB)
+DEPENDENCIES = $(GPDEDEP) $(G3DDEP) $(GISDEP)
+
+include $(MODULE_TOPDIR)/include/Make/Module.make
+
+default: cmd
Property changes on: grass/trunk/raster3d/r3.mask/Makefile
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
+ text/x-makefile
Added: svn:eol-style
+ native
Copied: grass/trunk/raster3d/r3.mask/main.c (from rev 47526, grass/trunk/raster3d/base/r3.mask.main.c)
===================================================================
--- grass/trunk/raster3d/r3.mask/main.c (rev 0)
+++ grass/trunk/raster3d/r3.mask/main.c 2011-08-10 10:58:01 UTC (rev 47528)
@@ -0,0 +1,170 @@
+
+/***************************************************************************
+* MODULE: r3.mask
+*
+* AUTHOR(S): Roman Waupotitsch, Michael Shapiro, Helena Mitasova,
+* Bill Brown, Lubos Mitas, Jaro Hofierka
+*
+* PURPOSE: Establishes the current working 3D raster mask.
+*
+* COPYRIGHT: (C) 2005 by the GRASS Development Team
+*
+* This program is free software under the GNU General Public
+* License (>=v2). Read the file COPYING that comes with GRASS
+* for details.
+*
+*****************************************************************************/
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <grass/gis.h>
+#include <grass/G3d.h>
+#include <grass/glocale.h>
+
+/*--------------------------------------------------------------------------*/
+
+typedef struct
+{
+ struct Option *map, *maskVals;
+} paramType;
+
+static paramType params;
+
+/*--------------------------------------------------------------------------*/
+
+void getParams(char **name, d_Mask ** maskRules)
+{
+ *name = params.map->answer;
+ G3d_parse_vallist(params.maskVals->answers, maskRules);
+}
+
+/*-------------------------------------------------------------------------*/
+
+#define MAX(a,b) (a > b ? a : b)
+
+static void makeMask(char *name, d_Mask * maskRules)
+{
+ void *map, *mask;
+ G3D_Region region;
+ int tileX, tileY, tileZ, x, y, z, cacheSize;
+ double value;
+ float floatNull;
+
+ cacheSize = G3d_cacheSizeEncode(G3D_USE_CACHE_XY, 1);
+
+ if (NULL == G_find_grid3(name, ""))
+ G3d_fatalError(_("3D raster map <%s> not found"), name);
+
+ map = G3d_openCellOld(name, G_mapset(), G3D_DEFAULT_WINDOW,
+ DCELL_TYPE, cacheSize);
+
+ if (map == NULL)
+ G3d_fatalError(_("Unable to open 3D raster map <%s>"), name);
+
+ G3d_getRegionStructMap(map, ®ion);
+
+ G3d_getTileDimensionsMap(map, &tileX, &tileY, &tileZ);
+
+ mask = G3d_openNewParam(G3d_maskFile(), FCELL_TYPE, cacheSize,
+ ®ion, FCELL_TYPE, G3D_NO_LZW, G3D_USE_RLE, 0,
+ tileX, tileY, tileZ);
+
+ if (mask == NULL)
+ G3d_fatalError(_("Unable to open 3D raster mask file"));
+
+ G3d_minUnlocked(map, G3D_USE_CACHE_X);
+ G3d_autolockOn(map);
+ G3d_unlockAll(map);
+ G3d_minUnlocked(mask, G3D_USE_CACHE_X);
+ G3d_autolockOn(mask);
+ G3d_unlockAll(mask);
+
+ G3d_setNullValue(&floatNull, 1, FCELL_TYPE);
+
+ for (z = 0; z < region.depths; z++) {
+ if ((z % tileZ) == 0) {
+ G3d_unlockAll(map);
+ G3d_unlockAll(mask);
+ }
+
+ for (y = 0; y < region.rows; y++) /* We count from north to south in the cube coordinate system */
+ for (x = 0; x < region.cols; x++) {
+ value = G3d_getDoubleRegion(map, x, y, z);
+ if (G3d_mask_d_select((DCELL *) & value, maskRules))
+ G3d_putFloat(mask, x, y, z, (float)floatNull); /* mask-out value */
+ else
+ G3d_putFloat(mask, x, y, z, (float)0.0); /* not mask-out value */
+ }
+ if ((z % tileZ) == 0) {
+ if (!G3d_flushTilesInCube
+ (mask, 0, 0, MAX(0, z - tileZ), region.rows - 1,
+ region.cols - 1, z))
+ G3d_fatalError(_("makeMask: error flushing tiles in cube"));
+ }
+ }
+
+ if (!G3d_flushAllTiles(mask))
+ G3d_fatalError(_("makeMask: error flushing all tiles"));
+
+ G3d_autolockOff(map);
+ G3d_unlockAll(map);
+ G3d_autolockOff(mask);
+ G3d_unlockAll(mask);
+
+ if (!G3d_closeCell(mask))
+ G3d_fatalError(_("Unable to close 3D raster mask file"));
+ if (!G3d_closeCell(map))
+ G3d_fatalError(_("Unable to close raster map <%s>"), name);
+}
+
+/*--------------------------------------------------------------------------*/
+
+int main(int argc, char *argv[])
+{
+ char *name;
+ d_Mask *maskRules;
+ struct GModule *module;
+
+ G_gisinit(argv[0]);
+
+ module = G_define_module();
+ G_add_keyword(_("raster3d"));
+ G_add_keyword(_("voxel"));
+ module->description =
+ _("Establishes the current working 3D raster mask.");
+
+ params.map = G_define_option();
+ params.map->key = "map";
+ params.map->type = TYPE_STRING;
+ params.map->required = YES;
+ params.map->multiple = NO;
+ params.map->gisprompt = "old,grid3,3d-raster";
+ params.map->description = _("3D raster map with reference values");
+
+ params.maskVals = G_define_option();
+ params.maskVals->key = "maskvalues";
+ params.maskVals->key_desc = "val[-val]";
+ params.maskVals->type = TYPE_STRING;
+ params.maskVals->required = NO;
+ params.maskVals->multiple = YES;
+ params.maskVals->description = _("List of cell values to be masked out");
+
+ if (G_parser(argc, argv))
+ exit(EXIT_FAILURE);
+
+ if (G3d_maskFileExists())
+ G_fatal_error(_("Cannot create mask file: G3D_MASK already exists"));
+
+ getParams(&name, &maskRules);
+
+ makeMask(name, maskRules);
+
+ exit(EXIT_SUCCESS);
+}
+
+/*--------------------------------------------------------------------------*/
+
+/*--------------------------------------------------------------------------*/
+
+/*--------------------------------------------------------------------------*/
Copied: grass/trunk/raster3d/r3.mask/r3.mask.html (from rev 47526, grass/trunk/raster3d/base/r3.mask.html)
===================================================================
--- grass/trunk/raster3d/r3.mask/r3.mask.html (rev 0)
+++ grass/trunk/raster3d/r3.mask/r3.mask.html 2011-08-10 10:58:01 UTC (rev 47528)
@@ -0,0 +1,28 @@
+<H2>DESCRIPTION</H2>
+
+File <EM>map</EM> is used as reference file.
+Cells in the mask are marked as "mask out" if the corresponding cell in
+<EM>map</EM> contains a value in the range specified with <EM>maskvalues</EM>.
+<P>
+Before a new 3D-mask can be created the exisitng mask has to be removed
+with <EM>g.remove</EM>.
+
+<H3>Parameters:</H3>
+<DL>
+<DT><B>maskvalues</B>
+<DD>Values specified to be masked out
+
+<DT><B>grid3d</B>
+<DD>Name of G3D-map that is used as the mask reference
+</DL>
+
+<H2>SEE ALSO</H2>
+
+<EM><A HREF="g.remove.html">g.remove</A></EM>
+
+<H2>AUTHORS</H2>
+Roman Waupotitsch, Michael Shapiro,
+Helena Mitasova, Bill Brown, Lubos Mitas,
+Jaro Hofierka
+
+<p><i>Last changed: $Date$</i>
Property changes on: grass/trunk/raster3d/r3.null
___________________________________________________________________
Added: svn:ignore
+ OBJ.*
Added: grass/trunk/raster3d/r3.null/Makefile
===================================================================
--- grass/trunk/raster3d/r3.null/Makefile (rev 0)
+++ grass/trunk/raster3d/r3.null/Makefile 2011-08-10 10:58:01 UTC (rev 47528)
@@ -0,0 +1,10 @@
+MODULE_TOPDIR = ../..
+
+PGM=r3.null
+
+LIBES = $(GPDELIB) $(G3DLIB) $(GISLIB)
+DEPENDENCIES = $(GPDEDEP) $(G3DDEP) $(GISDEP)
+
+include $(MODULE_TOPDIR)/include/Make/Module.make
+
+default: cmd
Property changes on: grass/trunk/raster3d/r3.null/Makefile
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
+ text/x-makefile
Added: svn:eol-style
+ native
Copied: grass/trunk/raster3d/r3.null/main.c (from rev 47526, grass/trunk/raster3d/base/r3.null.main.c)
===================================================================
--- grass/trunk/raster3d/r3.null/main.c (rev 0)
+++ grass/trunk/raster3d/r3.null/main.c 2011-08-10 10:58:01 UTC (rev 47528)
@@ -0,0 +1,198 @@
+
+/***************************************************************************
+* MODULE: r3.null
+*
+* AUTHOR(S): Roman Waupotitsch, Michael Shapiro, Helena Mitasova,
+* Bill Brown, Lubos Mitas, Jaro Hofierka
+*
+* PURPOSE: Explicitly create the 3D NULL-value bitmap file.
+*
+* COPYRIGHT: (C) 2005 by the GRASS Development Team
+*
+* This program is free software under the GNU General Public
+* License (>=v2). Read the file COPYING that comes with GRASS
+* for details.
+*
+*****************************************************************************/
+
+
+#include <stdio.h>
+#include <stdlib.h>
+#include <string.h>
+#include <grass/gis.h>
+#include <grass/G3d.h>
+#include <grass/glocale.h>
+
+
+#define MAX(a,b) (a > b ? a : b)
+
+
+typedef struct
+{
+ struct Option *map, *setNull, *null;
+} paramType;
+
+static paramType params;
+
+
+/* function prototypes */
+static void setParams(void);
+static void getParams(char **name, d_Mask ** maskRules, int *changeNull,
+ double *newNullVal);
+static void modifyNull(char *name, d_Mask * maskRules, int changeNull,
+ double newNullVal);
+
+static void setParams(void)
+{
+ params.map = G_define_option();
+ params.map->key = "map";
+ params.map->type = TYPE_STRING;
+ params.map->required = YES;
+ params.map->multiple = NO;
+ params.map->gisprompt = "old,grid3,3d-raster";
+ params.map->description =
+ _("3d raster map for which to modify null values");
+
+ params.setNull = G_define_option();
+ params.setNull->key = "setnull";
+ params.setNull->key_desc = "val[-val]";
+ params.setNull->type = TYPE_STRING;
+ params.setNull->required = NO;
+ params.setNull->multiple = YES;
+ params.setNull->description = _("List of cell values to be set to NULL");
+
+ params.null = G_define_option();
+ params.null->key = "null";
+ params.null->type = TYPE_DOUBLE;
+ params.null->required = NO;
+ params.null->multiple = NO;
+ params.null->description = _("The value to replace the null value by");
+}
+
+/*--------------------------------------------------------------------------*/
+
+static void
+getParams(char **name, d_Mask ** maskRules, int *changeNull,
+ double *newNullVal)
+{
+ *name = params.map->answer;
+ G3d_parse_vallist(params.setNull->answers, maskRules);
+
+ *changeNull = (params.null->answer != NULL);
+ if (*changeNull)
+ if (sscanf(params.null->answer, "%lf", newNullVal) != 1)
+ G3d_fatalError(_("Illegal value for null"));
+}
+
+/*-------------------------------------------------------------------------*/
+
+static void
+modifyNull(char *name, d_Mask * maskRules, int changeNull, double newNullVal)
+{
+ void *map, *mapOut;
+ G3D_Region region;
+ int tileX, tileY, tileZ, x, y, z;
+ double value;
+ int doCompress, doLzw, doRle, precision;
+ int cacheSize;
+
+ cacheSize = G3d_cacheSizeEncode(G3D_USE_CACHE_XY, 1);
+
+ if (NULL == G_find_grid3(name, ""))
+ G3d_fatalError(_("3D raster map <%s> not found"), name);
+
+ fprintf(stderr, "name %s Mapset %s \n", name, G_mapset());
+ map = G3d_openCellOld(name, G_mapset(), G3D_DEFAULT_WINDOW,
+ DCELL_TYPE, cacheSize);
+
+ if (map == NULL)
+ G3d_fatalError(_("Unable to open 3D raster map <%s>"), name);
+
+ G3d_getRegionStructMap(map, ®ion);
+ G3d_getTileDimensionsMap(map, &tileX, &tileY, &tileZ);
+
+ G3d_getCompressionMode(&doCompress, &doLzw, &doRle, &precision);
+
+ mapOut = G3d_openNewParam(name, DCELL_TYPE, G3D_USE_CACHE_XY,
+ ®ion, G3d_fileTypeMap(map),
+ doLzw, doRle, G3d_tilePrecisionMap(map), tileX,
+ tileY, tileZ);
+ if (mapOut == NULL)
+ G3d_fatalError(_("modifyNull: error opening tmp file"));
+
+ G3d_minUnlocked(map, G3D_USE_CACHE_X);
+ G3d_autolockOn(map);
+ G3d_unlockAll(map);
+ G3d_minUnlocked(mapOut, G3D_USE_CACHE_X);
+ G3d_autolockOn(mapOut);
+ G3d_unlockAll(mapOut);
+
+ for (z = 0; z < region.depths; z++) {
+ if ((z % tileZ) == 0) {
+ G3d_unlockAll(map);
+ G3d_unlockAll(mapOut);
+ }
+ for (y = 0; y < region.rows; y++)
+ for (x = 0; x < region.cols; x++) {
+
+ value = G3d_getDoubleRegion(map, x, y, z);
+
+ if (G3d_isNullValueNum(&value, DCELL_TYPE)) {
+ if (changeNull) {
+ value = newNullVal;
+ }
+ }
+ else if (G3d_mask_d_select((DCELL *) & value, maskRules)) {
+ G3d_setNullValue(&value, 1, DCELL_TYPE);
+ }
+
+ G3d_putDouble(mapOut, x, y, z, value);
+ }
+ if ((z % tileZ) == 0) {
+ if (!G3d_flushTilesInCube
+ (mapOut, 0, 0, MAX(0, z - tileZ), region.rows - 1,
+ region.cols - 1, z))
+ G3d_fatalError(_("modifyNull: error flushing tiles in cube"));
+ }
+ }
+
+ if (!G3d_flushAllTiles(mapOut))
+ G3d_fatalError(_("modifyNull: error flushing all tiles"));
+
+ G3d_autolockOff(map);
+ G3d_unlockAll(map);
+ G3d_autolockOff(mapOut);
+ G3d_unlockAll(mapOut);
+
+ if (!G3d_closeCell(map))
+ G3d_fatalError(_("Unable to close raster map"));
+ if (!G3d_closeCell(mapOut))
+ G3d_fatalError(_("modifyNull: Unable to close tmp file"));
+}
+
+/*--------------------------------------------------------------------------*/
+
+int main(int argc, char **argv)
+{
+ char *name;
+ d_Mask *maskRules;
+ int changeNull;
+ double newNullVal;
+ struct GModule *module;
+
+ G_gisinit(argv[0]);
+ module = G_define_module();
+ G_add_keyword(_("raster3d"));
+ G_add_keyword(_("voxel"));
+ module->description =
+ _("Explicitly create the 3D NULL-value bitmap file.");
+
+ setParams();
+ if (G_parser(argc, argv))
+ exit(EXIT_FAILURE);
+ getParams(&name, &maskRules, &changeNull, &newNullVal);
+
+ modifyNull(name, maskRules, changeNull, newNullVal);
+
+ exit(EXIT_SUCCESS);
+}
Copied: grass/trunk/raster3d/r3.null/r3.null.html (from rev 47526, grass/trunk/raster3d/base/r3.null.html)
===================================================================
--- grass/trunk/raster3d/r3.null/r3.null.html (rev 0)
+++ grass/trunk/raster3d/r3.null/r3.null.html 2011-08-10 10:58:01 UTC (rev 47528)
@@ -0,0 +1,13 @@
+<H2>DESCRIPTION</H2>
+
+
+Modifies the NULL values of <EM>map</EM>.
+
+<H2>SEE ALSO</H2>
+<EM><A HREF="r.null.html">r.null</A></EM><br>
+
+<H2>AUTHORS</H2>
+Roman Waupotitsch, Michael Shapiro,
+Helena Mitasova, Bill Brown, Lubos Mitas,
+Jaro Hofierka
+<p><i>Last changed: $Date$</i>
Copied: grass/trunk/raster3d/r3.null/test.r3.null.sh (from rev 47526, grass/trunk/raster3d/base/test.r3.null.sh)
===================================================================
--- grass/trunk/raster3d/r3.null/test.r3.null.sh (rev 0)
+++ grass/trunk/raster3d/r3.null/test.r3.null.sh 2011-08-10 10:58:01 UTC (rev 47528)
@@ -0,0 +1,41 @@
+# Tests for r3.null
+
+# We set up a specific region in the
+# @preprocess step of this test. We generate
+# voxel data with r3.mapcalc. The region setting
+# should work for UTM and LL test locations
+g.region s=0 n=80 w=0 e=120 b=0 t=50 res=10 res3=10 -p3
+# We create several (float, double, null value) voxel map
+# with value = col + row + depth.
+r3.mapcalc --o expr="test_volume_float_1 = float(col() + row() + depth())"
+r3.mapcalc --o expr="test_volume_float_2 = test_volume_float_1"
+r3.mapcalc --o expr="test_volume_double_1 = double(col() + row() + depth())"
+r3.mapcalc --o expr="test_volume_double_2 = test_volume_double_1"
+# Add null value information
+r3.mapcalc --o expr="test_volume_float_null_1 = if(row() == 1 || row() == 5, null(), test_volume_float_1)"
+r3.mapcalc --o expr="test_volume_float_null_2 = if(row() == 1 || row() == 5, null(), test_volume_float_1)"
+r3.mapcalc --o expr="test_volume_double_null_1 = if(row() == 1 || row() == 5, null(), test_volume_double_1)"
+r3.mapcalc --o expr="test_volume_double_null_2 = if(row() == 1 || row() == 5, null(), test_volume_double_1)"
+
+# We @test r3.null to set and modify null values.
+# Validation is based on @files with @precision=3
+# First float maps
+r3.null map=test_volume_float_1 setnull=3,4,5
+r3.null map=test_volume_float_2 setnull=7,8,9
+r3.null map=test_volume_float_null_1 null=-1.5
+r3.null map=test_volume_float_null_2 null=-10.5
+# Double maps
+r3.null map=test_volume_double_1 setnull=3,4,5
+r3.null map=test_volume_double_2 setnull=7,8,9
+r3.null map=test_volume_double_null_1 null=-1.5
+r3.null map=test_volume_double_null_2 null=-10.5
+
+# Commands to export the references
+# r3.out.ascii dp=3 input=test_volume_float_1 output=test_volume_float_1.ref
+# r3.out.ascii dp=3 input=test_volume_float_2 output=test_volume_float_2.ref
+# r3.out.ascii dp=3 input=test_volume_float_null_1 output=test_volume_float_null_1.ref
+# r3.out.ascii dp=3 input=test_volume_float_null_2 output=test_volume_float_null_2.ref
+# r3.out.ascii dp=3 input=test_volume_double_1 output=test_volume_double_1.ref
+# r3.out.ascii dp=3 input=test_volume_double_2 output=test_volume_double_2.ref
+# r3.out.ascii dp=3 input=test_volume_double_null_1 output=test_volume_double_null_1.ref
+# r3.out.ascii dp=3 input=test_volume_double_null_2 output=test_volume_double_null_2.ref
Copied: grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_double_1.ref (from rev 47526, grass/trunk/raster3d/base/test_volume_double_1.ref)
===================================================================
--- grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_double_1.ref (rev 0)
+++ grass/trunk/raster3d/r3.null/test_volume_double_1.ref 2011-08-10 10:58:01 UTC (rev 47528)
@@ -0,0 +1,51 @@
+version: grass7
+order: nsbt
+north: 80.000000
+south: 0.000000
+east: 120.000000
+west: 0.000000
+top: 50.000000
+bottom: 0.000000
+rows: 8
+cols: 12
+levels: 5
+* * * 6.000 7.000 8.000 9.000 10.000 11.000 12.000 13.000 14.000
+* * 6.000 7.000 8.000 9.000 10.000 11.000 12.000 13.000 14.000 15.000
+* 6.000 7.000 8.000 9.000 10.000 11.000 12.000 13.000 14.000 15.000 16.000
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