<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Aug 6, 2021 at 1:33 AM Laura Poggio <<a href="mailto:laura.poggio@gmail.com">laura.poggio@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Vaclav,<div>thanks a lot. Your patch worked perfectly. The remaining problems were solved by loading the conda environment path into LD_LIBRARY.</div></div></blockquote><div><br></div><div>That's what I do there.<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div>I will look into your repository if there is a better solution.</div></div></blockquote><div><br></div><div>Not a one I know of, but I wouldn't mind using something else. I think the reason for this being needed during compilation is that the things in GRASS GIS are actually running during compilation (modules help to generate parts of documentation).</div><div><br></div><div>However, feel free to check my scripts there. It is a fully reproducible build workflow on our HPC, but maybe just a little adaptation is needed.<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>But at least the environment works and grass can be updated to 7.8 and python3.</div></div></blockquote><div><br></div><div>The scripts can install multiple versions which is good just for updating to latest release as need while keeping the old versions around for reproducibility. We are using it to be able to use also the development versions and update them often without disturbing people who are using them.</div></div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">Let me know if anything there needs more explanation.<br></div><div class="gmail_quote"><br><div>Vaclav<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div>Thanks a lot again</div><div>Laura</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 3 Aug 2021 at 17:21, Laura Poggio <<a href="mailto:laura.poggio@gmail.com" target="_blank">laura.poggio@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Vaclav,<div>thanks a lot!</div><div>with the patch for the makefile in the repository I managed to solve the previous error. Now I am getting a different error apparently linked to some library conflict (same combination of libraries works in a different environment):</div><div><br></div><div><span style="font-family:monospace"><span style="color:rgb(0,0,0)">/home/user/conda3/envs/sg_py3_geo//lib//libspatialite.so.7: undefined reference to `GEOSFrechetDistance'
</span><br></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace">/home/user/c</span><span style="font-family:monospace">onda3/envs/sg_py3_geo//lib//libspatialite.so.7: undefined reference to `GEOSFrechetDistance_r'
<br></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace">/home/user/</span><span style="font-family:monospace">conda3/envs/sg_py3_geo//lib//libspatialite.so.7: undefined reference to `GEOSFrechetDistanceDensify'
<br></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace">/home/user/</span><span style="font-family:monospace">conda3/envs/sg_py3_geo//lib//libgdal.so.27: undefined reference to `GEOSMakeValid_r'
<br></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace">/home/user/</span><span style="font-family:monospace">conda3/envs/sg_py3_geo//lib//libspatialite.so.7: undefined reference to `GEOSFrechetDistanceDensify_r'<br></span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><span style="font-family:monospace">Tomorrow I will try again with a clean conda environment implementing all of your scripts.</span></div><div><span style="font-family:monospace">Thanks a lot!</span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><span style="font-family:monospace">Laura</span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 3 Aug 2021 at 15:32, Vaclav Petras <<a href="mailto:wenzeslaus@gmail.com" target="_blank">wenzeslaus@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi Laura,</div><div><br></div><div>See whether the following is helpful to you. It uses everything from conda and has some local fixes for iconv. I didn't test 7.8.5 specifically, only the 7.8 release branch.<br></div><div><br></div><div>GRASS GIS on HPC Henry2</div><div><a href="https://github.com/ncsu-geoforall-lab/grass-gis-on-hpc-henry2/" target="_blank">https://github.com/ncsu-geoforall-lab/grass-gis-on-hpc-henry2/</a></div><div><br></div><div>Some more comments:<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Aug 3, 2021 at 9:12 AM Laura Poggio <<a href="mailto:laura.poggio@gmail.com" target="_blank">laura.poggio@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br><div><div>I am trying to compile grass 7.8.5 in a conda environment (on centos7, managed HPC) adapting this instructions <a href="https://github.com/GRASS-GIS/grass-gis-experimental-ci/blob/conda-compile/configure.sh" target="_blank">here</a>.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Nobody touched that repo for a while, but development happened elsewhere. We have a CentOS 7 build partially using conda in the main repo's CI. However, my experience was that the CentOS 7 Docker container in CI was very different from the CentOS 7 environment on HPC which has many customizations.<br></div><div><br></div><div><a href="https://github.com/OSGeo/grass/blob/master/.github/workflows/centos.yml" target="_blank">https://github.com/OSGeo/grass/blob/master/.github/workflows/centos.yml</a></div><div><br></div><div>There is also a conda-based build for macOS, but that would need to be adapted </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>conda create -y -n $conda_env python=3.8.5<br>conda activate $conda_env<br>conda install -c conda-forge geos gdal==3.3.1 -y<br>conda install -c conda-forge pdal fftw -y<br>conda install -c biobuilds libxml2<br>conda install -c conda-forge libiconv<br></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>The GRASS GIS on Henry 2 repo has an environment file you can use.<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div></div><div><br></div><div>compile works well. make gives a lot of errors. When I run make again in one of the folder, I get this errors:</div><div><span style="font-family:monospace"><span style="color:rgb(0,0,0)">/home/user/grasspy3/grass-7.8.5/dist.x86_64-pc-linux-gnu/lib/<a href="http://libgrass_gis.7.8.so" target="_blank">libgrass_gis.7.8.so</a>: undefined reference to `libiconv'
</span><br>/home/user/grasspy3/grass-7.8.5/dist.x86_64-pc-linux-gnu/lib/<a href="http://libgrass_gis.7.8.so" target="_blank">libgrass_gis.7.8.so</a>: undefined reference to `libiconv_open'
<br>/home/user/grasspy3/grass-7.8.5/dist.x86_64-pc-linux-gnu/lib/<a href="http://libgrass_gis.7.8.so" target="_blank">libgrass_gis.7.8.so</a>: undefined reference to `libiconv_close'<br></span></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>I was not able to create a proper fix for GRASS GIS configuration, but the repo has a somewhat hacky patch applied locally which injects libiconv into more places.</div><div><br></div><div>Let me know how this goes. With the scripts in GRASS GIS on Henry 2, I can install new versions easily, but I would like to see it more streamlined with less local customizations.<br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Vaclav<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><span style="font-family:monospace"></span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><font face="monospace">I found this <a href="http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/Adding-path-iconv-library-to-configure-td5431037.html" target="_blank">answer</a>, but I am not sure how to continue from there. </font></div><div><font face="monospace">Thanks a lot</font></div><div><font face="monospace">Laura</font></div><div><br></div></div></div>
_______________________________________________<br>
grass-user mailing list<br>
<a href="mailto:grass-user@lists.osgeo.org" target="_blank">grass-user@lists.osgeo.org</a><br>
<a href="https://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/grass-user" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/grass-user</a><br>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div></div>