[OSGeoJapan-discuss] macのQGISプロセッシングでのRの利用について

Yoichi SEINO say.no00 ＠ gmail.com
2016年 11月 4日 (金) 03:22:43 PDT 

松澤さん、お忙しい中ありがとうございます。
そういうことだったんですね。承知致しました。

ただ、馬場さんが言うように、GRASSの有無やバージョンはここではあまり関係ないのかもしれませんね…。

MSYSは僕も驚きました。
そして、そんな豪快な解決法がバッドノウハウとして存在していることも驚きです。
これはひどく悪い手ですね。
Homebrewの通常のqgis2(現在は2.18)でも同じようなバグは相変わらず発生します。

実は、MSYSの空フォルダとかを作らなくても、無視して進めば「オンラインスクリプト集からRスクリプトを入手」というメニューまでは進めます。
ただ、やっぱりダウンロードしようとしたところでQGISごと落ちます。

バグ報告したほうが良いんでしょうかねぇ…。



2016年11月4日 19:05 Taro Matsuzawa <taro ＠ georepublic.co.jp>:
> 松澤です。
>
> 清野さん確認ありがとうございます。
> いちおう僕が意図したのはGRASS7.0が入ってるときは--with-grassで、
> GRASS6.xが入ってるときは--with-grass6があれば大丈夫では？
> (僕のエラーにはならないのでは？)
> という意図でした。
>
> で、パッチは「そもそも何のエラーが発生してるのかを見るため」なので、
> 画像の用にちゃんと何が足りないっていうのが出てくるようにするための
> ものなのでそこはOKだと思います。
>
> そして、今回はmsysでのエラーなんですが、
> そもそもmsys自体はWindowsで使われるMinGWのやつだと思います。
> 調べたら同様のエラーが発生してるようです。
>
> http://gis.stackexchange.com/a/183777
>
> この解決方法が豪快で、Macなのにmsysを展開して突っ込むっていう
> 荒業をやっています。
> しかもworking fineと言っていてまじかよって感じですが、
> とりあえずこれも参考になるかなと思います。
> ちなみに、QGIS 2.16だとmsysのコンフィグが見当たらないので、
> バージョンにも依存するものかもしれないですが...
>
> とりあえず
> - KynchaosのdmgパッケージはGRASS6.4のパスが固定されていて辛い
>   - homebrew osgeo4macかfink使った方が良さそう
> - msys要求されたらもしかすると上の対処方でなんとかなるかも
> - Pythonコードの実行中エラーの内容を知りたいときは僕のパッチを当ててくれ
> ってなとこです。
>
> 取り急ぎ、ではでは。
>
>
> On 2016/11/04 18:14, Yoichi SEINO wrote:
>>
>> 私のHomebrewでのインストールオプションですが、以下のようにしていました。
>>
>> brew install qgis2-ltr --with-r --with-saga-gis --with-grass
>> --with-gpsbabel
>>
>> GRASS7.0はインストールされていましたが、GRASS6はインストールされていませんでした。
>>
>> そこでGRASS6もインストールし、松澤さんのパッチも適用して実行してみたところ、
>> 今度は添付の画像のようなエラーメッセージが…。
>>
>> で、良くないとは思いつつも、指定されたディレクトリにとりあえずmsysというフォルダ(中身は空)を置くだけ置いてみると、
>> OKできるようになりましたので、プロセッシングツールボックスのR
>> Scripts→オンラインスクリプト集からRスクリプトを入手というコマンドを選んでみたところ…
>> …QGISが落ちました。
>>
>> 現状、ここまでしか試せていません…。
>>
>>
>> 2016年11月3日 10:04 Yoichi SEINO <say.no00 ＠ gmail.com>:
>>>
>>> 松澤さん、さっそくパッチを作成して下さりありがとうございます。
>>>
>>> 私も自宅に環境が無いのでまた職場に行ったときに試してみます。
>>>
>>> Homebrewのインストール時のオプションはいくつかつけたのですが、それも今きちんと思い出せないので、またお知らせいたします。
>>>
>>> 素早い反応、ありがとうございました。
>>>
>>>
>>> 2016/11/02 22:36 "Taro Matsuzawa" <taro ＠ georepublic.co.jp>:
>>>
>>>> 松澤です。
>>>>
>>>> 今回のはMac版のQGISのパッケージングの問題だと思います。
>>>> まず、Pythonのエラーが出ないようにして実行したら以下のような
>>>> エラーが出ました。
>>>>
>>>> https://gyazo.com/8b88e32d7b4d89a86314d73532aa7d58
>>>>
>>>> GRASS 6.4.appが無いっていうことなのですが、
>>>> 以下のものを要求しているのだと思います。
>>>>
>>>> http://www.kyngchaos.com/software/grass
>>>>
>>>> 少なくとも、Mac版QGISのパッケージはこの由来のものが多いと思います。
>>>>
>>>> もし同じ原因だったら、清野さんが使ってるHomebrew+osgeo4mac+qgis2-ltrなら
>>>> with-grassかwith-grass6で治りそうな気がしてる。
>>>>
>>>>
>>>> https://github.com/OSGeo/homebrew-osgeo4mac/blob/master/Formula/qgis2-ltr.rb#L318
>>>> # さすがに新幹線の移動中なのでテストしてる余裕ないです。
>>>>
>>>> あと、僕が作ったパッチもあげておきました。
>>>> https://gist.github.com/smellman/053246bcec462c3898d1c77d393e0a3b
>>>> # Application配下のものを直接vimでいじったのがバレバレですね。
>>>> 試すときは事前にpycファイルを消しておいて弄ってから
>>>> QGISを起動すればOKだと思います。
>>>>
>>>> とりあえず、ではでは。
>>>>
>>>> On 2016/11/02 19:41, Yoichi SEINO wrote:
>>>>>
>>>>>
>>>>> OSX 10.11.6 El Capitanの環境で、
>>>>> Homebrewを使い、https://github.com/osgeo/homebrew-osgeo4mac
>>>>> のqgis2-ltrのQGIS2.14.3を使って確認してみましたが、
>>>>> 同じような状況になりました。
>>>>> 僕のHomebrew環境やpython環境に起因する可能性もありますが、
>>>>> 情報共有のためにこちらにも情報を残しておきます。
>>>>>
>>>>> QGISの「About QGIS」
>>>>> ====
>>>>> QGISバージョン: 2.14.3-Essen
>>>>> QGIS code branch: Release 2.14
>>>>> コンパイル時のQtバージョン: 4.8.6
>>>>> 実行中のQtバージョン: 4.8.6
>>>>> コンパイル時のGDAL/OGRバージョン: 1.11.4
>>>>> 実行中のGDAL/OGRバージョン: 1.11.3
>>>>> コンパイル時のGEOSバージョン: 3.5.0-CAPI-1.9.0
>>>>> 実行中のGEOSバージョン: 3.5.0-CAPI-1.9.0 r0
>>>>> PostgreSQLクライアントバージョン: 9.4.4
>>>>> SpatiaLiteバージョン: 4.3.0a
>>>>> QWTバージョン: 6.0.2
>>>>> PROJ 4バージョン: 492
>>>>> QScintilla2 バージョン: 2.9.1
>>>>> ====
>>>>>
>>>>>
>>>>> 「プロセッシング」メニューの「オプション」→「プロバイダ」→「R scripts」をactivateした時のエラーメッセージ
>>>>> (メッセージ中のユーザー名はXXXXで伏せてあります。)
>>>>> ====
>>>>> Pythonコードの実行中にエラーが発生しました:
>>>>>
>>>>> TypeError: function takes exactly 5 arguments (1 given)
>>>>>
>>>>> Traceback (most recent call last):
>>>>>   File
>>>>>
>>>>> "/Applications/QGIS.app/Contents/MacOS/../Resources/python/plugins/processing/gui/ConfigDialog.py",
>>>>> line 150, in accept
>>>>>     self.tr('Wrong value for parameter "%s":\n\n%s' %
>>>>> (setting.description, unicode(e))))
>>>>> TypeError: function takes exactly 5 arguments (1 given)
>>>>>
>>>>>
>>>>> Pythonバージョン: 2.7.10 (default, Oct 23 2015, 19:19:21) [GCC 4.2.1
>>>>> Compatible Apple LLVM 7.0.0 (clang-700.0.59.5)]
>>>>> QGISバージョン: 2.14.3-Essen Essen, exported
>>>>>
>>>>> Pythonパス:
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> /Applications/QGIS.app/Contents/MacOS/../Resources/python/plugins/processing
>>>>> /Applications/QGIS.app/Contents/MacOS/../Resources/python
>>>>> /Users/XXXX/.qgis2/python
>>>>> /Users/XXXX/.qgis2/python/plugins
>>>>> /Applications/QGIS.app/Contents/MacOS/../Resources/python/plugins
>>>>> /Library/Frameworks/SQLite3.framework/Versions/C/Python/2.7
>>>>> /Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/3/Python/2.7/site-packages
>>>>> /Library/Python/2.7/site-packages/scipy-override
>>>>> /Library/Python/2.7/site-packages/numpy-override
>>>>>
>>>>> /Library/Frameworks/GDAL.framework/Versions/1.11/Python/2.7/site-packages
>>>>> /Library/Frameworks/cairo.framework/Versions/1/Python/2.7
>>>>>
>>>>> /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python27.zip
>>>>> /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7
>>>>>
>>>>>
>>>>> /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-darwin
>>>>>
>>>>>
>>>>> /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac
>>>>>
>>>>>
>>>>> /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac/lib-scriptpackages
>>>>>
>>>>>
>>>>> /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python
>>>>>
>>>>>
>>>>> /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-tk
>>>>>
>>>>>
>>>>> /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-old
>>>>>
>>>>>
>>>>> /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-dynload
>>>>> /Users/XXXX/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages
>>>>> /usr/local/lib/python2.7/site-packages
>>>>> /usr/local/lib/python2.7/site-packages/geos
>>>>> /usr/local/Cellar/numpy/1.11.2/libexec/nose/lib/python2.7/site-packages
>>>>> /usr/local/lib/python2.7/site-packages/wx-3.0-osx_cocoa
>>>>>
>>>>>
>>>>> /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/PyObjC
>>>>> /Library/Python/2.7/site-packages
>>>>> /Library/Python/2.7/site-packages/PIL
>>>>> /Users/XXXX/.qgis2//python
>>>>> /Applications/QGIS.app/Contents/Resources/python/plugins/fTools/tools
>>>>> ====
>>>>>
>>>>> あー、なんか環境が汚いのがバレバレですね…。
>>>>> 申し訳ございません。
>>>>>
>>>>> 何かの参考になればと思います。
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> 2016年11月2日 15:36 NUIMURA, Takayuki <tnuimura ＠ cis.ac.jp>:
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> 馬場様、
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> 縫村です。
>>>>>> 早速どうもありがとうございました。
>>>>>>
>>>>>> とりあえずFink版QGISのインストールを勧めてみます。
>>>>>> のちほどまた結果を報告いたします。
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> 2016-11-02 15:22 GMT+09:00 美彦 馬場 <babayoshihiko ＠ mac.com>:
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>> On Nov 2, 2016, at 14:25, NUIMURA, Takayuki <tnuimura ＠ cis.ac.jp>
>>>>>>>> wrote:
>>>>>>>>
>>>>>>>> みなさま、
>>>>>>>>
>>>>>>>>
>>>>>>>> 縫村です。
>>>>>>>> macのQGISプロセッシングでのRの利用について質問があります。
>>>>>>>>
>>>>>>>>
>>>>>>>>
>>>>>>>> 私が使用しているのではないのですが、macでQGISを利用している方からプロセッシングのオプションにてRの有効化にチェックを入れると下記のようなエラーメッセージがでて、有効化できないという報告を頂いています。
>>>>>>>>
>>>>>>>> QGISバージョン：2.16.3
>>>>>>>> Rバージョン：3.3
>>>>>>>>
>>>>>>>>
>>>>>>>> エラーメッセージ：
>>>>>>>> Pythonコードの実行中にエラーが発生しました：
>>>>>>>>
>>>>>>>> TypeError: function takes exactly 5 arguments (1 given)
>>>>>>>>
>>>>>>>>
>>>>>>>>
>>>>>>>> macのQGIS2.16.3のプロセッシングからはRの有効化はできないのでしょうか？
>>>>>>>> どなたか同様の現象または普通に使えているよという方がいらっしゃいましたら教えていただけますでしょうか？
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> どの QGIS とどの R 使っているのかわからないのでなんとも言えないですが、Python でパスが通ってないのでは？
>>>>>>>
>>>>>>> Fink では、コンパイルする前にパッチ当てています。Mac で QGIS + 何かを使いたければ、 FInk を強く勧めます。
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> --
>>>>>>> 馬場美彦
>>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> --
>>>>>> Takayuki NUIMURA
>>>>>> Department of Environmental Risk and Crisis Management,
>>>>>> Faculty of Risk and Crisis Management,
>>>>>> Chiba Institute of Science
>>>>>> 15-8 Shiomi-cho, Choshi, Chiba 288-0025
>>>>>> Phone:0479-30-4536
>>>>>>
>>>>>> 縫村崇行
>>>>>> 千葉科学大学・危機管理学部・環境危機管理学科
>>>>>> 〒288-0025　千葉県銚子市潮見町15-8
>>>>>> Phone:0479-30-4536
>>>>>>
>>>>>> E-mail: tnuimura ＠ cis.ac.jp
>>>>>> Skype: t_nuimura
>>>>>>
>>>>>> _______________________________________________
>>>>>> OSGeoJapan-discuss mailing list
>>>>>> OSGeoJapan-discuss ＠ lists.osgeo.org
>>>>>> http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/osgeojapan-discuss
>>>>>
>>>>>
>>>>> _______________________________________________
>>>>> OSGeoJapan-discuss mailing list
>>>>> OSGeoJapan-discuss ＠ lists.osgeo.org
>>>>> http://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/osgeojapan-discuss
>>>>>
>>>>
>>>>
>>>> --
>>>> Georepublic Japan Ltd.
>>>> c/o CommunityLink
>>>> 5-3-1 Kumoidori, Chuo Ward
>>>> Kobe 651-0096
>>>>
>>>> Taro Matsuzawa
>>>> Senior Developer
>>>>
>>>> eMail: taro ＠ georepublic.co.jp
>>>> Web: https://georepublic.info
>>>>
>>>> Tel: +81 (03) 6868 5418
>>>> Fax: +81 (03) 3374 0291
>
>
>
> --
> Georepublic Japan Ltd.
> c/o CommunityLink
> 5-3-1 Kumoidori, Chuo Ward
> Kobe 651-0096
>
> Taro Matsuzawa
> Senior Developer
>
> eMail: taro ＠ georepublic.co.jp
> Web: https://georepublic.info
>
> Tel: +81 (03) 6868 5418
> Fax: +81 (03) 3374 0291

OSGeoJapan-discuss メーリングリストの案内