Thanks for the reply <br><br><div class="gmail_quote">On 8 May 2012 12:11, Rainer M Krug <span dir="ltr"><<a href="mailto:r.m.krug@gmail.com" target="_blank">r.m.krug@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
<br><div class="im">> I do EMPA ( Electron probe micro-analyzer ) of microscope slides. When it is in the device I<br>
> can note down x,y,z co-ordinates when taking a photo or doing a sample analysis. The problem is<br>
> when you remove the slide and put it back in again these previous x,y and z components are now<br>
> meaningless because the device that holds the slide is not accurate enough to achieve the same<br>
> positioning again. I was thinking that if I had known reference points on the slide I could<br>
> "geo-reference" all pictures and scans I did for a specific session and then when I have follow<br>
> up photos and point analysis data, taken in a separate session, I could "geo-reference these<br>
> and use QGIS to map out all the photos and pin point analysis as different layers making it<br>
> very easy to correlate data. As long as I have the co-ordinates I should then be able to add<br>
> any other microscope ( eg. petrographic images ) data as a separate layer and match it up.<br>
<br>
<br>
</div>Sure - you can "geo-reference" whatever image you have against whatever system. In your case, yo<br>
should be choosing the right co-ordinate system and the right projection. This is something I<br>
can't help you with at the moment, but it should be easy enough to find out. If in doubt, ask<br>
specifically for this again, as it is of uttermost importance for measuring distances, areas,<br>
calculations and so on.<br></blockquote><div><br></div><div>All true, but at least it sounds possible. The images I am mapping is square so another thing to consider in my co-ordinate and projection system. </div><div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
One definitely has to be aware, that the space of the GIS, which is usually the surface of the<br>
earth (or a section of it) can be anything. It can simply be a piece of paper or, in your case,<br>
the area *flat* area which is seen in the EMPA. And you want to reference your slide to the area,<br>
so that a specific point of the slide is always at the same location - look at it as satellite<br>
pictures: the earth is your slide, and the satellite is your EMPA (OK - the earth is not flat, but<br>
this is where the projection comes in).<br>
<div class="im"><br>
><br>
> If I could get it working I could also write a plugin that could tell me co-ordinates of a<br>
> point on the "map" based on the new x,y co-ordinates when I re-insert the microscope slide.<br>
> Just in case it is not clear let me explain: When I insert a slide into the EMPA machine a<br>
> certain spot will have co-ordinates of 255,234,40. When I re-insert the slide it might now have<br>
> co-ordinates of 100,2000,80. However it is still the same point but because I am measuring in<br>
> nano meters small changes can make big differences.<br>
<br>
</div>Just to be sure - you have three co-ordintes here? then it might be a problem - but if you only<br>
want to geo-reference the *picture* of the slide into a two dimensional flat surface, that should<br>
work easily.<br></blockquote><div><br></div><div>I do have 3 co-ordinates but for the work that we do at least for now the y-co-ordinate is not really important so should not be a problem.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div class="im"><br>
><br>
> My question is thus, does this sound possible and have anyone else done something similar? The<br>
> area being mapped is actually flat and I am not sure if that would make a difference.<br>
<br>
</div>1) The area being mapped is flat<br>
2) are all areas parallel?<br>

<br>
</blockquote></div><div><br></div><div>Yes the area being mapped is flat for practical intents and purposes. and everything should be parallel. Although some images might need rotation since it is not possible on a micron meter scale to align up a microscope slide exactly parallel.</div>
<div><br></div>I am planning on doing a lot more work on this later in the summer and will report back to the list of results and any more questions which I might have.<div><br>Regards<br clear="all"><div><br></div>-- <br>
Gerhardus Geldenhuis<br>
</div>