Ciao Luca, in realtà non lavorano insieme.. la versione in C:\OSGeo4W\apps\qgis\.\python\plugins\processing è quella che viene installata di default (immagina un PC pulito che non abbia mai avuto QGIS) l'altra versione, in .qgis2/python_plugin è quella che potresti usare come versione personalizzata e *vince* su quella in apps Matteo