[gdal-dev] gdal installation error on MacOS (libpoppler.91.dylib)
Paul Harwood
runette at gmail.com
Tue Dec 7 03:15:38 PST 2021
Results like that are usually caused because there is something already in
the conda environment that is causing a conflict and I notice that it is
installing into /Users/idan.miara/opt/miniconda3 which would usually mean
you have installed into the "base" conda environment - which is not usually
the best idea.
If you try ...
conda create --name gdaltest
conda activate gdaltest
conda install -c conda-forge gdal
{noteing that the name "gdaltest" in the first and second lines could be
any name for a conda environment that is not already in use}
... I am reasonably sure it will work.
Then you just need to use the "gdaltest" environment when you want to use
conda.
On Tue, 7 Dec 2021 at 09:03, Idan Miara <idan at miara.com> wrote:
> Hi all,
>
> I'm trying to install gdal on MacOS Big Sur via conda.
> For some reason it installs v3.0.2, even though v3.4.0 is available.
> Also it doesn't run, and gives the following error:
>
> ~ gdalinfo --version
> dyld: Library not loaded: @rpath/libpoppler.91.dylib
>
> Thanks!
> logs are below.
>
> Kind regards,
> Idan
>
>
> conda install -c conda-forge gdal
>
> Collecting package metadata (current_repodata.json): done
> Solving environment: done
>
> ## Package Plan ##
>
> environment location: /Users/idan.miara/opt/miniconda3
>
> added / updated specs:
> - gdal
>
>
> The following packages will be downloaded:
>
> package | build
> ---------------------------|-----------------
> boost-cpp-1.72.0 | hdf9ef73_0 19.1 MB
> conda-forge
> bzip2-1.0.8 | h0d85af4_4 155 KB
> conda-forge
> c-ares-1.18.1 | h0d85af4_0 100 KB
> conda-forge
> ca-certificates-2021.10.8 | h033912b_0 139 KB
> conda-forge
> cairo-1.16.0 | hec6a9b0_1003 1.3 MB
> conda-forge
> certifi-2021.10.8 | py39h6e9494a_1 145 KB
> conda-forge
> cfitsio-3.470 | h01dc385_7 1.3 MB
> conda-forge
> conda-4.11.0 | py39h6e9494a_0 16.9 MB
> conda-forge
> curl-7.78.0 | h7bc2e8c_0 133 KB
> expat-2.4.1 | he49afe7_0 143 KB
> conda-forge
> fontconfig-2.13.1 | h10f422b_1005 271 KB
> conda-forge
> freetype-2.10.4 | h4cff582_1 890 KB
> conda-forge
> freexl-1.0.6 | h0d85af4_0 42 KB
> conda-forge
> gdal-3.0.2 | py39ha6ec53f_1 1.1 MB
> geos-3.8.0 | hb1e8313_0 815 KB
> geotiff-1.6.0 | h02c1893_0 120 KB
> gettext-0.21.0 | h7535e17_0 2.6 MB
> giflib-5.2.1 | hbcb3906_2 71 KB
> conda-forge
> glib-2.69.1 | hdf23fa2_0 2.7 MB
> hdf4-4.2.13 | h39711bb_2 682 KB
> hdf5-1.10.6 |nompi_hc5d9132_1114 3.1 MB
> conda-forge
> icu-64.2 | h6de7cb9_1 12.3 MB
> conda-forge
> jbig-2.1 | h0d85af4_2003 42 KB
> conda-forge
> jpeg-9d | hbcb3906_0 250 KB
> conda-forge
> json-c-0.13.1 | h575e443_1002 66 KB
> conda-forge
> kealib-1.4.14 | h31dd65d_2 156 KB
> conda-forge
> krb5-1.19.2 | hcfbf3a7_0 1.3 MB
> conda-forge
> lerc-2.2.1 | h046ec9c_0 164 KB
> conda-forge
> libblas-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB
> conda-forge
> libcblas-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB
> conda-forge
> libcurl-7.78.0 | hb8e4fae_0 311 KB
> libcxx-12.0.1 | habf9029_0 1.1 MB
> conda-forge
> libdap4-3.19.1 | h3d3e54a_0 1.1 MB
> libdeflate-1.7 | h35c211d_5 67 KB
> conda-forge
> libedit-3.1.20191231 | h0678c8f_2 103 KB
> conda-forge
> libev-4.33 | haf1e3a3_1 99 KB
> conda-forge
> libgdal-3.0.2 | ha1444b2_1 10.4 MB
> libgfortran-5.0.0 |9_3_0_h6c81a4c_23 19 KB
> conda-forge
> libgfortran5-9.3.0 | h6c81a4c_23 1.7 MB
> conda-forge
> libiconv-1.16 | haf1e3a3_0 1.3 MB
> conda-forge
> libkml-1.3.0 | h88bc94a_1012 473 KB
> conda-forge
> liblapack-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB
> conda-forge
> libnetcdf-4.6.1 | hfd9a460_4 782 KB
> libnghttp2-1.43.0 | h6f36284_1 867 KB
> conda-forge
> libopenblas-0.3.18 |openmp_h3351f45_0 9.0 MB
> conda-forge
> libpng-1.6.37 | h7cec526_2 313 KB
> conda-forge
> libpq-12.2 | h1b4eb34_1 2.0 MB
> libspatialite-4.3.0a | h5142b36_0 2.1 MB
> libssh2-1.10.0 | h52ee1ee_2 221 KB
> conda-forge
> libtiff-4.3.0 | h1167814_1 621 KB
> conda-forge
> libwebp-base-1.2.1 | h0d85af4_0 692 KB
> conda-forge
> libxml2-2.9.10 | h53d96d6_0 1.2 MB
> conda-forge
> llvm-openmp-12.0.1 | hda6cdc1_1 287 KB
> conda-forge
> lz4-c-1.9.3 | he49afe7_1 155 KB
> conda-forge
> numpy-1.21.4 | py39h7eed0ac_0 5.8 MB
> conda-forge
> openjpeg-2.3.1 | h6cbf5cd_3 373 KB
> conda-forge
> openssl-1.1.1l | h0d85af4_0 1.9 MB
> conda-forge
> pcre-8.45 | he49afe7_0 220 KB
> conda-forge
> pixman-0.38.0 | h01d97ff_1003 611 KB
> conda-forge
> poppler-0.89.0 | h9de36d4_1 1.6 MB
> conda-forge
> poppler-data-0.4.11 | hd8ed1ab_0 3.6 MB
> conda-forge
> postgresql-12.2 | h1b4eb34_1 3.3 MB
> proj-6.2.1 | h773a61f_0 10.0 MB
> conda-forge
> python_abi-3.9 | 2_cp39 4 KB
> conda-forge
> tiledb-2.3.4 | h8370e7a_0 2.9 MB
> conda-forge
> xerces-c-3.2.3 | h8f8adb3_0 1.5 MB
> conda-forge
> zstd-1.5.0 | h582d3a0_0 583 KB
> conda-forge
> ------------------------------------------------------------
> Total: 133.2 MB
>
> The following NEW packages will be INSTALLED:
>
> boost-cpp conda-forge/osx-64::boost-cpp-1.72.0-hdf9ef73_0
> bzip2 conda-forge/osx-64::bzip2-1.0.8-h0d85af4_4
> c-ares conda-forge/osx-64::c-ares-1.18.1-h0d85af4_0
> cairo conda-forge/osx-64::cairo-1.16.0-hec6a9b0_1003
> cfitsio conda-forge/osx-64::cfitsio-3.470-h01dc385_7
> curl pkgs/main/osx-64::curl-7.78.0-h7bc2e8c_0
> expat conda-forge/osx-64::expat-2.4.1-he49afe7_0
> fontconfig conda-forge/osx-64::fontconfig-2.13.1-h10f422b_1005
> freetype conda-forge/osx-64::freetype-2.10.4-h4cff582_1
> freexl conda-forge/osx-64::freexl-1.0.6-h0d85af4_0
> gdal pkgs/main/osx-64::gdal-3.0.2-py39ha6ec53f_1
> geos pkgs/main/osx-64::geos-3.8.0-hb1e8313_0
> geotiff pkgs/main/osx-64::geotiff-1.6.0-h02c1893_0
> gettext pkgs/main/osx-64::gettext-0.21.0-h7535e17_0
> giflib conda-forge/osx-64::giflib-5.2.1-hbcb3906_2
> glib pkgs/main/osx-64::glib-2.69.1-hdf23fa2_0
> hdf4 pkgs/main/osx-64::hdf4-4.2.13-h39711bb_2
> hdf5 conda-forge/osx-64::hdf5-1.10.6-nompi_hc5d9132_1114
> icu conda-forge/osx-64::icu-64.2-h6de7cb9_1
> jbig conda-forge/osx-64::jbig-2.1-h0d85af4_2003
> jpeg conda-forge/osx-64::jpeg-9d-hbcb3906_0
> json-c conda-forge/osx-64::json-c-0.13.1-h575e443_1002
> kealib conda-forge/osx-64::kealib-1.4.14-h31dd65d_2
> krb5 conda-forge/osx-64::krb5-1.19.2-hcfbf3a7_0
> lerc conda-forge/osx-64::lerc-2.2.1-h046ec9c_0
> libblas conda-forge/osx-64::libblas-3.9.0-12_osx64_openblas
> libcblas conda-forge/osx-64::libcblas-3.9.0-12_osx64_openblas
> libcurl pkgs/main/osx-64::libcurl-7.78.0-hb8e4fae_0
> libdap4 pkgs/main/osx-64::libdap4-3.19.1-h3d3e54a_0
> libdeflate conda-forge/osx-64::libdeflate-1.7-h35c211d_5
> libedit conda-forge/osx-64::libedit-3.1.20191231-h0678c8f_2
> libev conda-forge/osx-64::libev-4.33-haf1e3a3_1
> libgdal pkgs/main/osx-64::libgdal-3.0.2-ha1444b2_1
> libgfortran
> conda-forge/osx-64::libgfortran-5.0.0-9_3_0_h6c81a4c_23
> libgfortran5 conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_23
> libiconv conda-forge/osx-64::libiconv-1.16-haf1e3a3_0
> libkml conda-forge/osx-64::libkml-1.3.0-h88bc94a_1012
> liblapack conda-forge/osx-64::liblapack-3.9.0-12_osx64_openblas
> libnetcdf pkgs/main/osx-64::libnetcdf-4.6.1-hfd9a460_4
> libnghttp2 conda-forge/osx-64::libnghttp2-1.43.0-h6f36284_1
> libopenblas
> conda-forge/osx-64::libopenblas-0.3.18-openmp_h3351f45_0
> libpng conda-forge/osx-64::libpng-1.6.37-h7cec526_2
> libpq pkgs/main/osx-64::libpq-12.2-h1b4eb34_1
> libspatialite pkgs/main/osx-64::libspatialite-4.3.0a-h5142b36_0
> libssh2 conda-forge/osx-64::libssh2-1.10.0-h52ee1ee_2
> libtiff conda-forge/osx-64::libtiff-4.3.0-h1167814_1
> libwebp-base conda-forge/osx-64::libwebp-base-1.2.1-h0d85af4_0
> libxml2 conda-forge/osx-64::libxml2-2.9.10-h53d96d6_0
> llvm-openmp conda-forge/osx-64::llvm-openmp-12.0.1-hda6cdc1_1
> lz4-c conda-forge/osx-64::lz4-c-1.9.3-he49afe7_1
> numpy conda-forge/osx-64::numpy-1.21.4-py39h7eed0ac_0
> openjpeg conda-forge/osx-64::openjpeg-2.3.1-h6cbf5cd_3
> pcre conda-forge/osx-64::pcre-8.45-he49afe7_0
> pixman conda-forge/osx-64::pixman-0.38.0-h01d97ff_1003
> poppler conda-forge/osx-64::poppler-0.89.0-h9de36d4_1
> poppler-data conda-forge/noarch::poppler-data-0.4.11-hd8ed1ab_0
> postgresql pkgs/main/osx-64::postgresql-12.2-h1b4eb34_1
> proj conda-forge/osx-64::proj-6.2.1-h773a61f_0
> python_abi conda-forge/osx-64::python_abi-3.9-2_cp39
> tiledb conda-forge/osx-64::tiledb-2.3.4-h8370e7a_0
> xerces-c conda-forge/osx-64::xerces-c-3.2.3-h8f8adb3_0
> zstd conda-forge/osx-64::zstd-1.5.0-h582d3a0_0
>
> The following packages will be UPDATED:
>
> ca-certificates pkgs/main::ca-certificates-2021.7.5-h~ -->
> conda-forge::ca-certificates-2021.10.8-h033912b_0
> certifi pkgs/main::certifi-2021.5.30-py39hecd~ -->
> conda-forge::certifi-2021.10.8-py39h6e9494a_1
> conda pkgs/main::conda-4.10.3-py39hecd8cb5_0 -->
> conda-forge::conda-4.11.0-py39h6e9494a_0
> libcxx pkgs/main::libcxx-10.0.0-1 -->
> conda-forge::libcxx-12.0.1-habf9029_0
> openssl pkgs/main::openssl-1.1.1k-h9ed2024_0 -->
> conda-forge::openssl-1.1.1l-h0d85af4_0
>
>
> Proceed ([y]/n)? y
>
>
> Downloading and Extracting Packages
> bzip2-1.0.8 | 155 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> fontconfig-2.13.1 | 271 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> krb5-1.19.2 | 1.3 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> gdal-3.0.2 | 1.1 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> freetype-2.10.4 | 890 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> hdf5-1.10.6 | 3.1 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> proj-6.2.1 | 10.0 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libblas-3.9.0 | 12 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> lerc-2.2.1 | 164 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libgfortran-5.0.0 | 19 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> lz4-c-1.9.3 | 155 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libiconv-1.16 | 1.3 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> icu-64.2 | 12.3 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libedit-3.1.20191231 | 103 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libxml2-2.9.10 | 1.2 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> python_abi-3.9 | 4 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> numpy-1.21.4 | 5.8 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> conda-4.11.0 | 16.9 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> ca-certificates-2021 | 139 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> poppler-0.89.0 | 1.6 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> liblapack-3.9.0 | 12 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> expat-2.4.1 | 143 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> boost-cpp-1.72.0 | 19.1 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> glib-2.69.1 | 2.7 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libgdal-3.0.2 | 10.4 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libspatialite-4.3.0a | 2.1 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libnetcdf-4.6.1 | 782 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> openssl-1.1.1l | 1.9 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> hdf4-4.2.13 | 682 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libcurl-7.78.0 | 311 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> jpeg-9d | 250 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> openjpeg-2.3.1 | 373 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libwebp-base-1.2.1 | 692 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> c-ares-1.18.1 | 100 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libdap4-3.19.1 | 1.1 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libpng-1.6.37 | 313 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> xerces-c-3.2.3 | 1.5 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libdeflate-1.7 | 67 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> geos-3.8.0 | 815 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> giflib-5.2.1 | 71 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libgfortran5-9.3.0 | 1.7 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libssh2-1.10.0 | 221 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libcxx-12.0.1 | 1.1 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libopenblas-0.3.18 | 9.0 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> geotiff-1.6.0 | 120 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libnghttp2-1.43.0 | 867 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> zstd-1.5.0 | 583 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libtiff-4.3.0 | 621 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libkml-1.3.0 | 473 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libcblas-3.9.0 | 12 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> tiledb-2.3.4 | 2.9 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> llvm-openmp-12.0.1 | 287 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> gettext-0.21.0 | 2.6 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> curl-7.78.0 | 133 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> pixman-0.38.0 | 611 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> json-c-0.13.1 | 66 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> cairo-1.16.0 | 1.3 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> postgresql-12.2 | 3.3 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> jbig-2.1 | 42 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> certifi-2021.10.8 | 145 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libev-4.33 | 99 KB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> libpq-12.2 | 2.0 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> poppler-data-0.4.11 | 3.6 MB |
> #################################################################################################################################################################################################################################
> | 100%
> cfitsio-3.470 | 1.3 MB |
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> kealib-1.4.14 | 156 KB |
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> | 100%
> Preparing transaction: done
> Verifying transaction: done
> Executing transaction: done
> (base) ➜ ~ gdalinfo --version
> dyld: Library not loaded: @rpath/libpoppler.91.dylib
> Referenced from: /Users/idan.miara/opt/miniconda3/lib/libgdal.26.dylib
> Reason: image not found
> [1] 76584 abort gdalinfo --version
> (base) ➜ ~
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