[gdal-dev] gdal installation error on MacOS (libpoppler.91.dylib)

Idan Miara idan at miara.com
Thu Dec 9 04:51:53 PST 2021


Thanks for your help!

I realised that since I use pyenv virtualenv then I might have conflicts if
I also use conda.
I ended up uninstalling conda and installing gdal with homebrew and pip.
I will add some notes in the docs for how to avoid the pitfalls I
encountered.


On Tue, 7 Dec 2021 at 13:33, Daniel Scheffler <
daniel.scheffler at gfz-potsdam.de> wrote:

> If you installed into the base environment, you should rollback it to the
> last clean revision. Use *conda list --revisions* to see which revision
> number you need to use. Then use *conda install --revision N* (where N is
> the revision number).
>
> You should also make sure that your conda package resolver is up-to-date
> before creating a new environment for gdal.  Otherwise, it might happen
> that conda installs an old gdal version. To update it, run *conda update
> conda* or *conda update --all* in your base environment. Note hat you may
> have to add *-c conda-forge* to avoid mixing up packages coming from the *main
> *channel with those from the *conda-forge* channel.
>
>
>
> Am 07.12.2021 um 12:15 schrieb Paul Harwood:
>
> Results like that are usually caused because there is something already in
> the conda environment that is causing a conflict and I notice that it is
> installing into  /Users/idan.miara/opt/miniconda3 which would usually
> mean you have installed into the "base" conda environment - which is not
> usually the best idea.
>
> If you try ...
>
> conda create --name gdaltest
> conda activate gdaltest
> conda install -c conda-forge gdal
>
> {noteing that the name "gdaltest" in the first and second lines could be
> any name for a conda environment that is not already in use}
>
> ... I am reasonably sure it will work.
>
> Then you just need to use the "gdaltest" environment when you want to use
> conda.
>
> On Tue, 7 Dec 2021 at 09:03, Idan Miara <idan at miara.com> wrote:
>
>> Hi all,
>>
>> I'm trying to install gdal on MacOS Big Sur via conda.
>> For some reason it installs v3.0.2, even though v3.4.0 is available.
>> Also it doesn't run, and gives the following error:
>>
>> ~ gdalinfo --version
>> dyld: Library not loaded: @rpath/libpoppler.91.dylib
>>
>> Thanks!
>> logs are below.
>>
>> Kind regards,
>> Idan
>>
>>
>> conda install -c conda-forge gdal
>>
>> Collecting package metadata (current_repodata.json): done
>> Solving environment: done
>>
>> ## Package Plan ##
>>
>>   environment location: /Users/idan.miara/opt/miniconda3
>>
>>   added / updated specs:
>>     - gdal
>>
>>
>> The following packages will be downloaded:
>>
>>     package                    |            build
>>     ---------------------------|-----------------
>>     boost-cpp-1.72.0           |       hdf9ef73_0        19.1 MB
>>  conda-forge
>>     bzip2-1.0.8                |       h0d85af4_4         155 KB
>>  conda-forge
>>     c-ares-1.18.1              |       h0d85af4_0         100 KB
>>  conda-forge
>>     ca-certificates-2021.10.8  |       h033912b_0         139 KB
>>  conda-forge
>>     cairo-1.16.0               |    hec6a9b0_1003         1.3 MB
>>  conda-forge
>>     certifi-2021.10.8          |   py39h6e9494a_1         145 KB
>>  conda-forge
>>     cfitsio-3.470              |       h01dc385_7         1.3 MB
>>  conda-forge
>>     conda-4.11.0               |   py39h6e9494a_0        16.9 MB
>>  conda-forge
>>     curl-7.78.0                |       h7bc2e8c_0         133 KB
>>     expat-2.4.1                |       he49afe7_0         143 KB
>>  conda-forge
>>     fontconfig-2.13.1          |    h10f422b_1005         271 KB
>>  conda-forge
>>     freetype-2.10.4            |       h4cff582_1         890 KB
>>  conda-forge
>>     freexl-1.0.6               |       h0d85af4_0          42 KB
>>  conda-forge
>>     gdal-3.0.2                 |   py39ha6ec53f_1         1.1 MB
>>     geos-3.8.0                 |       hb1e8313_0         815 KB
>>     geotiff-1.6.0              |       h02c1893_0         120 KB
>>     gettext-0.21.0             |       h7535e17_0         2.6 MB
>>     giflib-5.2.1               |       hbcb3906_2          71 KB
>>  conda-forge
>>     glib-2.69.1                |       hdf23fa2_0         2.7 MB
>>     hdf4-4.2.13                |       h39711bb_2         682 KB
>>     hdf5-1.10.6                |nompi_hc5d9132_1114         3.1 MB
>>  conda-forge
>>     icu-64.2                   |       h6de7cb9_1        12.3 MB
>>  conda-forge
>>     jbig-2.1                   |    h0d85af4_2003          42 KB
>>  conda-forge
>>     jpeg-9d                    |       hbcb3906_0         250 KB
>>  conda-forge
>>     json-c-0.13.1              |    h575e443_1002          66 KB
>>  conda-forge
>>     kealib-1.4.14              |       h31dd65d_2         156 KB
>>  conda-forge
>>     krb5-1.19.2                |       hcfbf3a7_0         1.3 MB
>>  conda-forge
>>     lerc-2.2.1                 |       h046ec9c_0         164 KB
>>  conda-forge
>>     libblas-3.9.0              |12_osx64_openblas          12 KB
>>  conda-forge
>>     libcblas-3.9.0             |12_osx64_openblas          12 KB
>>  conda-forge
>>     libcurl-7.78.0             |       hb8e4fae_0         311 KB
>>     libcxx-12.0.1              |       habf9029_0         1.1 MB
>>  conda-forge
>>     libdap4-3.19.1             |       h3d3e54a_0         1.1 MB
>>     libdeflate-1.7             |       h35c211d_5          67 KB
>>  conda-forge
>>     libedit-3.1.20191231       |       h0678c8f_2         103 KB
>>  conda-forge
>>     libev-4.33                 |       haf1e3a3_1          99 KB
>>  conda-forge
>>     libgdal-3.0.2              |       ha1444b2_1        10.4 MB
>>     libgfortran-5.0.0          |9_3_0_h6c81a4c_23          19 KB
>>  conda-forge
>>     libgfortran5-9.3.0         |      h6c81a4c_23         1.7 MB
>>  conda-forge
>>     libiconv-1.16              |       haf1e3a3_0         1.3 MB
>>  conda-forge
>>     libkml-1.3.0               |    h88bc94a_1012         473 KB
>>  conda-forge
>>     liblapack-3.9.0            |12_osx64_openblas          12 KB
>>  conda-forge
>>     libnetcdf-4.6.1            |       hfd9a460_4         782 KB
>>     libnghttp2-1.43.0          |       h6f36284_1         867 KB
>>  conda-forge
>>     libopenblas-0.3.18         |openmp_h3351f45_0         9.0 MB
>>  conda-forge
>>     libpng-1.6.37              |       h7cec526_2         313 KB
>>  conda-forge
>>     libpq-12.2                 |       h1b4eb34_1         2.0 MB
>>     libspatialite-4.3.0a       |       h5142b36_0         2.1 MB
>>     libssh2-1.10.0             |       h52ee1ee_2         221 KB
>>  conda-forge
>>     libtiff-4.3.0              |       h1167814_1         621 KB
>>  conda-forge
>>     libwebp-base-1.2.1         |       h0d85af4_0         692 KB
>>  conda-forge
>>     libxml2-2.9.10             |       h53d96d6_0         1.2 MB
>>  conda-forge
>>     llvm-openmp-12.0.1         |       hda6cdc1_1         287 KB
>>  conda-forge
>>     lz4-c-1.9.3                |       he49afe7_1         155 KB
>>  conda-forge
>>     numpy-1.21.4               |   py39h7eed0ac_0         5.8 MB
>>  conda-forge
>>     openjpeg-2.3.1             |       h6cbf5cd_3         373 KB
>>  conda-forge
>>     openssl-1.1.1l             |       h0d85af4_0         1.9 MB
>>  conda-forge
>>     pcre-8.45                  |       he49afe7_0         220 KB
>>  conda-forge
>>     pixman-0.38.0              |    h01d97ff_1003         611 KB
>>  conda-forge
>>     poppler-0.89.0             |       h9de36d4_1         1.6 MB
>>  conda-forge
>>     poppler-data-0.4.11        |       hd8ed1ab_0         3.6 MB
>>  conda-forge
>>     postgresql-12.2            |       h1b4eb34_1         3.3 MB
>>     proj-6.2.1                 |       h773a61f_0        10.0 MB
>>  conda-forge
>>     python_abi-3.9             |           2_cp39           4 KB
>>  conda-forge
>>     tiledb-2.3.4               |       h8370e7a_0         2.9 MB
>>  conda-forge
>>     xerces-c-3.2.3             |       h8f8adb3_0         1.5 MB
>>  conda-forge
>>     zstd-1.5.0                 |       h582d3a0_0         583 KB
>>  conda-forge
>>     ------------------------------------------------------------
>>                                            Total:       133.2 MB
>>
>> The following NEW packages will be INSTALLED:
>>
>>   boost-cpp          conda-forge/osx-64::boost-cpp-1.72.0-hdf9ef73_0
>>   bzip2              conda-forge/osx-64::bzip2-1.0.8-h0d85af4_4
>>   c-ares             conda-forge/osx-64::c-ares-1.18.1-h0d85af4_0
>>   cairo              conda-forge/osx-64::cairo-1.16.0-hec6a9b0_1003
>>   cfitsio            conda-forge/osx-64::cfitsio-3.470-h01dc385_7
>>   curl               pkgs/main/osx-64::curl-7.78.0-h7bc2e8c_0
>>   expat              conda-forge/osx-64::expat-2.4.1-he49afe7_0
>>   fontconfig         conda-forge/osx-64::fontconfig-2.13.1-h10f422b_1005
>>   freetype           conda-forge/osx-64::freetype-2.10.4-h4cff582_1
>>   freexl             conda-forge/osx-64::freexl-1.0.6-h0d85af4_0
>>   gdal               pkgs/main/osx-64::gdal-3.0.2-py39ha6ec53f_1
>>   geos               pkgs/main/osx-64::geos-3.8.0-hb1e8313_0
>>   geotiff            pkgs/main/osx-64::geotiff-1.6.0-h02c1893_0
>>   gettext            pkgs/main/osx-64::gettext-0.21.0-h7535e17_0
>>   giflib             conda-forge/osx-64::giflib-5.2.1-hbcb3906_2
>>   glib               pkgs/main/osx-64::glib-2.69.1-hdf23fa2_0
>>   hdf4               pkgs/main/osx-64::hdf4-4.2.13-h39711bb_2
>>   hdf5               conda-forge/osx-64::hdf5-1.10.6-nompi_hc5d9132_1114
>>   icu                conda-forge/osx-64::icu-64.2-h6de7cb9_1
>>   jbig               conda-forge/osx-64::jbig-2.1-h0d85af4_2003
>>   jpeg               conda-forge/osx-64::jpeg-9d-hbcb3906_0
>>   json-c             conda-forge/osx-64::json-c-0.13.1-h575e443_1002
>>   kealib             conda-forge/osx-64::kealib-1.4.14-h31dd65d_2
>>   krb5               conda-forge/osx-64::krb5-1.19.2-hcfbf3a7_0
>>   lerc               conda-forge/osx-64::lerc-2.2.1-h046ec9c_0
>>   libblas            conda-forge/osx-64::libblas-3.9.0-12_osx64_openblas
>>   libcblas           conda-forge/osx-64::libcblas-3.9.0-12_osx64_openblas
>>   libcurl            pkgs/main/osx-64::libcurl-7.78.0-hb8e4fae_0
>>   libdap4            pkgs/main/osx-64::libdap4-3.19.1-h3d3e54a_0
>>   libdeflate         conda-forge/osx-64::libdeflate-1.7-h35c211d_5
>>   libedit            conda-forge/osx-64::libedit-3.1.20191231-h0678c8f_2
>>   libev              conda-forge/osx-64::libev-4.33-haf1e3a3_1
>>   libgdal            pkgs/main/osx-64::libgdal-3.0.2-ha1444b2_1
>>   libgfortran
>>  conda-forge/osx-64::libgfortran-5.0.0-9_3_0_h6c81a4c_23
>>   libgfortran5       conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_23
>>   libiconv           conda-forge/osx-64::libiconv-1.16-haf1e3a3_0
>>   libkml             conda-forge/osx-64::libkml-1.3.0-h88bc94a_1012
>>   liblapack          conda-forge/osx-64::liblapack-3.9.0-12_osx64_openblas
>>   libnetcdf          pkgs/main/osx-64::libnetcdf-4.6.1-hfd9a460_4
>>   libnghttp2         conda-forge/osx-64::libnghttp2-1.43.0-h6f36284_1
>>   libopenblas
>>  conda-forge/osx-64::libopenblas-0.3.18-openmp_h3351f45_0
>>   libpng             conda-forge/osx-64::libpng-1.6.37-h7cec526_2
>>   libpq              pkgs/main/osx-64::libpq-12.2-h1b4eb34_1
>>   libspatialite      pkgs/main/osx-64::libspatialite-4.3.0a-h5142b36_0
>>   libssh2            conda-forge/osx-64::libssh2-1.10.0-h52ee1ee_2
>>   libtiff            conda-forge/osx-64::libtiff-4.3.0-h1167814_1
>>   libwebp-base       conda-forge/osx-64::libwebp-base-1.2.1-h0d85af4_0
>>   libxml2            conda-forge/osx-64::libxml2-2.9.10-h53d96d6_0
>>   llvm-openmp        conda-forge/osx-64::llvm-openmp-12.0.1-hda6cdc1_1
>>   lz4-c              conda-forge/osx-64::lz4-c-1.9.3-he49afe7_1
>>   numpy              conda-forge/osx-64::numpy-1.21.4-py39h7eed0ac_0
>>   openjpeg           conda-forge/osx-64::openjpeg-2.3.1-h6cbf5cd_3
>>   pcre               conda-forge/osx-64::pcre-8.45-he49afe7_0
>>   pixman             conda-forge/osx-64::pixman-0.38.0-h01d97ff_1003
>>   poppler            conda-forge/osx-64::poppler-0.89.0-h9de36d4_1
>>   poppler-data       conda-forge/noarch::poppler-data-0.4.11-hd8ed1ab_0
>>   postgresql         pkgs/main/osx-64::postgresql-12.2-h1b4eb34_1
>>   proj               conda-forge/osx-64::proj-6.2.1-h773a61f_0
>>   python_abi         conda-forge/osx-64::python_abi-3.9-2_cp39
>>   tiledb             conda-forge/osx-64::tiledb-2.3.4-h8370e7a_0
>>   xerces-c           conda-forge/osx-64::xerces-c-3.2.3-h8f8adb3_0
>>   zstd               conda-forge/osx-64::zstd-1.5.0-h582d3a0_0
>>
>> The following packages will be UPDATED:
>>
>>   ca-certificates    pkgs/main::ca-certificates-2021.7.5-h~ -->
>> conda-forge::ca-certificates-2021.10.8-h033912b_0
>>   certifi            pkgs/main::certifi-2021.5.30-py39hecd~ -->
>> conda-forge::certifi-2021.10.8-py39h6e9494a_1
>>   conda              pkgs/main::conda-4.10.3-py39hecd8cb5_0 -->
>> conda-forge::conda-4.11.0-py39h6e9494a_0
>>   libcxx                         pkgs/main::libcxx-10.0.0-1 -->
>> conda-forge::libcxx-12.0.1-habf9029_0
>>   openssl              pkgs/main::openssl-1.1.1k-h9ed2024_0 -->
>> conda-forge::openssl-1.1.1l-h0d85af4_0
>>
>>
>> Proceed ([y]/n)? y
>>
>>
>> Downloading and Extracting Packages
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>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> fontconfig-2.13.1    | 271 KB    |
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>> | 100%
>> krb5-1.19.2          | 1.3 MB    |
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>> | 100%
>> gdal-3.0.2           | 1.1 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> freetype-2.10.4      | 890 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> hdf5-1.10.6          | 3.1 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
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>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
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>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
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>> | 100%
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>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
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>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libiconv-1.16        | 1.3 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> icu-64.2             | 12.3 MB   |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libedit-3.1.20191231 | 103 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libxml2-2.9.10       | 1.2 MB    |
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>> | 100%
>> python_abi-3.9       | 4 KB      |
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>> | 100%
>> numpy-1.21.4         | 5.8 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> conda-4.11.0         | 16.9 MB   |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> ca-certificates-2021 | 139 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> poppler-0.89.0       | 1.6 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> liblapack-3.9.0      | 12 KB     |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> expat-2.4.1          | 143 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> boost-cpp-1.72.0     | 19.1 MB   |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> glib-2.69.1          | 2.7 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libgdal-3.0.2        | 10.4 MB   |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libspatialite-4.3.0a | 2.1 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
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>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> openssl-1.1.1l       | 1.9 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> hdf4-4.2.13          | 682 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libcurl-7.78.0       | 311 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> jpeg-9d              | 250 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> openjpeg-2.3.1       | 373 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libwebp-base-1.2.1   | 692 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> c-ares-1.18.1        | 100 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libdap4-3.19.1       | 1.1 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libpng-1.6.37        | 313 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> xerces-c-3.2.3       | 1.5 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libdeflate-1.7       | 67 KB     |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> geos-3.8.0           | 815 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> giflib-5.2.1         | 71 KB     |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libgfortran5-9.3.0   | 1.7 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libssh2-1.10.0       | 221 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libcxx-12.0.1        | 1.1 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libopenblas-0.3.18   | 9.0 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> geotiff-1.6.0        | 120 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libnghttp2-1.43.0    | 867 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> zstd-1.5.0           | 583 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libtiff-4.3.0        | 621 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libkml-1.3.0         | 473 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libcblas-3.9.0       | 12 KB     |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> tiledb-2.3.4         | 2.9 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> llvm-openmp-12.0.1   | 287 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> gettext-0.21.0       | 2.6 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> curl-7.78.0          | 133 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> pixman-0.38.0        | 611 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> json-c-0.13.1        | 66 KB     |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> cairo-1.16.0         | 1.3 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> postgresql-12.2      | 3.3 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> jbig-2.1             | 42 KB     |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> certifi-2021.10.8    | 145 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libev-4.33           | 99 KB     |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libpq-12.2           | 2.0 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> poppler-data-0.4.11  | 3.6 MB    |
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>> | 100%
>> cfitsio-3.470        | 1.3 MB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> freexl-1.0.6         | 42 KB     |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> pcre-8.45            | 220 KB    |
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>> | 100%
>> kealib-1.4.14        | 156 KB    |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> Preparing transaction: done
>> Verifying transaction: done
>> Executing transaction: done
>> (base) ➜  ~ gdalinfo --version
>> dyld: Library not loaded: @rpath/libpoppler.91.dylib
>>   Referenced from: /Users/idan.miara/opt/miniconda3/lib/libgdal.26.dylib
>>   Reason: image not found
>> [1]    76584 abort      gdalinfo --version
>> (base) ➜  ~
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