[gdal-dev] gdal installation error on MacOS (libpoppler.91.dylib)
Idan Miara
idan at miara.com
Thu Dec 9 04:51:53 PST 2021
Thanks for your help!
I realised that since I use pyenv virtualenv then I might have conflicts if
I also use conda.
I ended up uninstalling conda and installing gdal with homebrew and pip.
I will add some notes in the docs for how to avoid the pitfalls I
encountered.
On Tue, 7 Dec 2021 at 13:33, Daniel Scheffler <
daniel.scheffler at gfz-potsdam.de> wrote:
> If you installed into the base environment, you should rollback it to the
> last clean revision. Use *conda list --revisions* to see which revision
> number you need to use. Then use *conda install --revision N* (where N is
> the revision number).
>
> You should also make sure that your conda package resolver is up-to-date
> before creating a new environment for gdal. Otherwise, it might happen
> that conda installs an old gdal version. To update it, run *conda update
> conda* or *conda update --all* in your base environment. Note hat you may
> have to add *-c conda-forge* to avoid mixing up packages coming from the *main
> *channel with those from the *conda-forge* channel.
>
>
>
> Am 07.12.2021 um 12:15 schrieb Paul Harwood:
>
> Results like that are usually caused because there is something already in
> the conda environment that is causing a conflict and I notice that it is
> installing into /Users/idan.miara/opt/miniconda3 which would usually
> mean you have installed into the "base" conda environment - which is not
> usually the best idea.
>
> If you try ...
>
> conda create --name gdaltest
> conda activate gdaltest
> conda install -c conda-forge gdal
>
> {noteing that the name "gdaltest" in the first and second lines could be
> any name for a conda environment that is not already in use}
>
> ... I am reasonably sure it will work.
>
> Then you just need to use the "gdaltest" environment when you want to use
> conda.
>
> On Tue, 7 Dec 2021 at 09:03, Idan Miara <idan at miara.com> wrote:
>
>> Hi all,
>>
>> I'm trying to install gdal on MacOS Big Sur via conda.
>> For some reason it installs v3.0.2, even though v3.4.0 is available.
>> Also it doesn't run, and gives the following error:
>>
>> ~ gdalinfo --version
>> dyld: Library not loaded: @rpath/libpoppler.91.dylib
>>
>> Thanks!
>> logs are below.
>>
>> Kind regards,
>> Idan
>>
>>
>> conda install -c conda-forge gdal
>>
>> Collecting package metadata (current_repodata.json): done
>> Solving environment: done
>>
>> ## Package Plan ##
>>
>> environment location: /Users/idan.miara/opt/miniconda3
>>
>> added / updated specs:
>> - gdal
>>
>>
>> The following packages will be downloaded:
>>
>> package | build
>> ---------------------------|-----------------
>> boost-cpp-1.72.0 | hdf9ef73_0 19.1 MB
>> conda-forge
>> bzip2-1.0.8 | h0d85af4_4 155 KB
>> conda-forge
>> c-ares-1.18.1 | h0d85af4_0 100 KB
>> conda-forge
>> ca-certificates-2021.10.8 | h033912b_0 139 KB
>> conda-forge
>> cairo-1.16.0 | hec6a9b0_1003 1.3 MB
>> conda-forge
>> certifi-2021.10.8 | py39h6e9494a_1 145 KB
>> conda-forge
>> cfitsio-3.470 | h01dc385_7 1.3 MB
>> conda-forge
>> conda-4.11.0 | py39h6e9494a_0 16.9 MB
>> conda-forge
>> curl-7.78.0 | h7bc2e8c_0 133 KB
>> expat-2.4.1 | he49afe7_0 143 KB
>> conda-forge
>> fontconfig-2.13.1 | h10f422b_1005 271 KB
>> conda-forge
>> freetype-2.10.4 | h4cff582_1 890 KB
>> conda-forge
>> freexl-1.0.6 | h0d85af4_0 42 KB
>> conda-forge
>> gdal-3.0.2 | py39ha6ec53f_1 1.1 MB
>> geos-3.8.0 | hb1e8313_0 815 KB
>> geotiff-1.6.0 | h02c1893_0 120 KB
>> gettext-0.21.0 | h7535e17_0 2.6 MB
>> giflib-5.2.1 | hbcb3906_2 71 KB
>> conda-forge
>> glib-2.69.1 | hdf23fa2_0 2.7 MB
>> hdf4-4.2.13 | h39711bb_2 682 KB
>> hdf5-1.10.6 |nompi_hc5d9132_1114 3.1 MB
>> conda-forge
>> icu-64.2 | h6de7cb9_1 12.3 MB
>> conda-forge
>> jbig-2.1 | h0d85af4_2003 42 KB
>> conda-forge
>> jpeg-9d | hbcb3906_0 250 KB
>> conda-forge
>> json-c-0.13.1 | h575e443_1002 66 KB
>> conda-forge
>> kealib-1.4.14 | h31dd65d_2 156 KB
>> conda-forge
>> krb5-1.19.2 | hcfbf3a7_0 1.3 MB
>> conda-forge
>> lerc-2.2.1 | h046ec9c_0 164 KB
>> conda-forge
>> libblas-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB
>> conda-forge
>> libcblas-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB
>> conda-forge
>> libcurl-7.78.0 | hb8e4fae_0 311 KB
>> libcxx-12.0.1 | habf9029_0 1.1 MB
>> conda-forge
>> libdap4-3.19.1 | h3d3e54a_0 1.1 MB
>> libdeflate-1.7 | h35c211d_5 67 KB
>> conda-forge
>> libedit-3.1.20191231 | h0678c8f_2 103 KB
>> conda-forge
>> libev-4.33 | haf1e3a3_1 99 KB
>> conda-forge
>> libgdal-3.0.2 | ha1444b2_1 10.4 MB
>> libgfortran-5.0.0 |9_3_0_h6c81a4c_23 19 KB
>> conda-forge
>> libgfortran5-9.3.0 | h6c81a4c_23 1.7 MB
>> conda-forge
>> libiconv-1.16 | haf1e3a3_0 1.3 MB
>> conda-forge
>> libkml-1.3.0 | h88bc94a_1012 473 KB
>> conda-forge
>> liblapack-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB
>> conda-forge
>> libnetcdf-4.6.1 | hfd9a460_4 782 KB
>> libnghttp2-1.43.0 | h6f36284_1 867 KB
>> conda-forge
>> libopenblas-0.3.18 |openmp_h3351f45_0 9.0 MB
>> conda-forge
>> libpng-1.6.37 | h7cec526_2 313 KB
>> conda-forge
>> libpq-12.2 | h1b4eb34_1 2.0 MB
>> libspatialite-4.3.0a | h5142b36_0 2.1 MB
>> libssh2-1.10.0 | h52ee1ee_2 221 KB
>> conda-forge
>> libtiff-4.3.0 | h1167814_1 621 KB
>> conda-forge
>> libwebp-base-1.2.1 | h0d85af4_0 692 KB
>> conda-forge
>> libxml2-2.9.10 | h53d96d6_0 1.2 MB
>> conda-forge
>> llvm-openmp-12.0.1 | hda6cdc1_1 287 KB
>> conda-forge
>> lz4-c-1.9.3 | he49afe7_1 155 KB
>> conda-forge
>> numpy-1.21.4 | py39h7eed0ac_0 5.8 MB
>> conda-forge
>> openjpeg-2.3.1 | h6cbf5cd_3 373 KB
>> conda-forge
>> openssl-1.1.1l | h0d85af4_0 1.9 MB
>> conda-forge
>> pcre-8.45 | he49afe7_0 220 KB
>> conda-forge
>> pixman-0.38.0 | h01d97ff_1003 611 KB
>> conda-forge
>> poppler-0.89.0 | h9de36d4_1 1.6 MB
>> conda-forge
>> poppler-data-0.4.11 | hd8ed1ab_0 3.6 MB
>> conda-forge
>> postgresql-12.2 | h1b4eb34_1 3.3 MB
>> proj-6.2.1 | h773a61f_0 10.0 MB
>> conda-forge
>> python_abi-3.9 | 2_cp39 4 KB
>> conda-forge
>> tiledb-2.3.4 | h8370e7a_0 2.9 MB
>> conda-forge
>> xerces-c-3.2.3 | h8f8adb3_0 1.5 MB
>> conda-forge
>> zstd-1.5.0 | h582d3a0_0 583 KB
>> conda-forge
>> ------------------------------------------------------------
>> Total: 133.2 MB
>>
>> The following NEW packages will be INSTALLED:
>>
>> boost-cpp conda-forge/osx-64::boost-cpp-1.72.0-hdf9ef73_0
>> bzip2 conda-forge/osx-64::bzip2-1.0.8-h0d85af4_4
>> c-ares conda-forge/osx-64::c-ares-1.18.1-h0d85af4_0
>> cairo conda-forge/osx-64::cairo-1.16.0-hec6a9b0_1003
>> cfitsio conda-forge/osx-64::cfitsio-3.470-h01dc385_7
>> curl pkgs/main/osx-64::curl-7.78.0-h7bc2e8c_0
>> expat conda-forge/osx-64::expat-2.4.1-he49afe7_0
>> fontconfig conda-forge/osx-64::fontconfig-2.13.1-h10f422b_1005
>> freetype conda-forge/osx-64::freetype-2.10.4-h4cff582_1
>> freexl conda-forge/osx-64::freexl-1.0.6-h0d85af4_0
>> gdal pkgs/main/osx-64::gdal-3.0.2-py39ha6ec53f_1
>> geos pkgs/main/osx-64::geos-3.8.0-hb1e8313_0
>> geotiff pkgs/main/osx-64::geotiff-1.6.0-h02c1893_0
>> gettext pkgs/main/osx-64::gettext-0.21.0-h7535e17_0
>> giflib conda-forge/osx-64::giflib-5.2.1-hbcb3906_2
>> glib pkgs/main/osx-64::glib-2.69.1-hdf23fa2_0
>> hdf4 pkgs/main/osx-64::hdf4-4.2.13-h39711bb_2
>> hdf5 conda-forge/osx-64::hdf5-1.10.6-nompi_hc5d9132_1114
>> icu conda-forge/osx-64::icu-64.2-h6de7cb9_1
>> jbig conda-forge/osx-64::jbig-2.1-h0d85af4_2003
>> jpeg conda-forge/osx-64::jpeg-9d-hbcb3906_0
>> json-c conda-forge/osx-64::json-c-0.13.1-h575e443_1002
>> kealib conda-forge/osx-64::kealib-1.4.14-h31dd65d_2
>> krb5 conda-forge/osx-64::krb5-1.19.2-hcfbf3a7_0
>> lerc conda-forge/osx-64::lerc-2.2.1-h046ec9c_0
>> libblas conda-forge/osx-64::libblas-3.9.0-12_osx64_openblas
>> libcblas conda-forge/osx-64::libcblas-3.9.0-12_osx64_openblas
>> libcurl pkgs/main/osx-64::libcurl-7.78.0-hb8e4fae_0
>> libdap4 pkgs/main/osx-64::libdap4-3.19.1-h3d3e54a_0
>> libdeflate conda-forge/osx-64::libdeflate-1.7-h35c211d_5
>> libedit conda-forge/osx-64::libedit-3.1.20191231-h0678c8f_2
>> libev conda-forge/osx-64::libev-4.33-haf1e3a3_1
>> libgdal pkgs/main/osx-64::libgdal-3.0.2-ha1444b2_1
>> libgfortran
>> conda-forge/osx-64::libgfortran-5.0.0-9_3_0_h6c81a4c_23
>> libgfortran5 conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_23
>> libiconv conda-forge/osx-64::libiconv-1.16-haf1e3a3_0
>> libkml conda-forge/osx-64::libkml-1.3.0-h88bc94a_1012
>> liblapack conda-forge/osx-64::liblapack-3.9.0-12_osx64_openblas
>> libnetcdf pkgs/main/osx-64::libnetcdf-4.6.1-hfd9a460_4
>> libnghttp2 conda-forge/osx-64::libnghttp2-1.43.0-h6f36284_1
>> libopenblas
>> conda-forge/osx-64::libopenblas-0.3.18-openmp_h3351f45_0
>> libpng conda-forge/osx-64::libpng-1.6.37-h7cec526_2
>> libpq pkgs/main/osx-64::libpq-12.2-h1b4eb34_1
>> libspatialite pkgs/main/osx-64::libspatialite-4.3.0a-h5142b36_0
>> libssh2 conda-forge/osx-64::libssh2-1.10.0-h52ee1ee_2
>> libtiff conda-forge/osx-64::libtiff-4.3.0-h1167814_1
>> libwebp-base conda-forge/osx-64::libwebp-base-1.2.1-h0d85af4_0
>> libxml2 conda-forge/osx-64::libxml2-2.9.10-h53d96d6_0
>> llvm-openmp conda-forge/osx-64::llvm-openmp-12.0.1-hda6cdc1_1
>> lz4-c conda-forge/osx-64::lz4-c-1.9.3-he49afe7_1
>> numpy conda-forge/osx-64::numpy-1.21.4-py39h7eed0ac_0
>> openjpeg conda-forge/osx-64::openjpeg-2.3.1-h6cbf5cd_3
>> pcre conda-forge/osx-64::pcre-8.45-he49afe7_0
>> pixman conda-forge/osx-64::pixman-0.38.0-h01d97ff_1003
>> poppler conda-forge/osx-64::poppler-0.89.0-h9de36d4_1
>> poppler-data conda-forge/noarch::poppler-data-0.4.11-hd8ed1ab_0
>> postgresql pkgs/main/osx-64::postgresql-12.2-h1b4eb34_1
>> proj conda-forge/osx-64::proj-6.2.1-h773a61f_0
>> python_abi conda-forge/osx-64::python_abi-3.9-2_cp39
>> tiledb conda-forge/osx-64::tiledb-2.3.4-h8370e7a_0
>> xerces-c conda-forge/osx-64::xerces-c-3.2.3-h8f8adb3_0
>> zstd conda-forge/osx-64::zstd-1.5.0-h582d3a0_0
>>
>> The following packages will be UPDATED:
>>
>> ca-certificates pkgs/main::ca-certificates-2021.7.5-h~ -->
>> conda-forge::ca-certificates-2021.10.8-h033912b_0
>> certifi pkgs/main::certifi-2021.5.30-py39hecd~ -->
>> conda-forge::certifi-2021.10.8-py39h6e9494a_1
>> conda pkgs/main::conda-4.10.3-py39hecd8cb5_0 -->
>> conda-forge::conda-4.11.0-py39h6e9494a_0
>> libcxx pkgs/main::libcxx-10.0.0-1 -->
>> conda-forge::libcxx-12.0.1-habf9029_0
>> openssl pkgs/main::openssl-1.1.1k-h9ed2024_0 -->
>> conda-forge::openssl-1.1.1l-h0d85af4_0
>>
>>
>> Proceed ([y]/n)? y
>>
>>
>> Downloading and Extracting Packages
>> bzip2-1.0.8 | 155 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> fontconfig-2.13.1 | 271 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> krb5-1.19.2 | 1.3 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> gdal-3.0.2 | 1.1 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> freetype-2.10.4 | 890 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> hdf5-1.10.6 | 3.1 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> proj-6.2.1 | 10.0 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libblas-3.9.0 | 12 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> lerc-2.2.1 | 164 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libgfortran-5.0.0 | 19 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> lz4-c-1.9.3 | 155 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libiconv-1.16 | 1.3 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> icu-64.2 | 12.3 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libedit-3.1.20191231 | 103 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libxml2-2.9.10 | 1.2 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> python_abi-3.9 | 4 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> numpy-1.21.4 | 5.8 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> conda-4.11.0 | 16.9 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> ca-certificates-2021 | 139 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> poppler-0.89.0 | 1.6 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> liblapack-3.9.0 | 12 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> expat-2.4.1 | 143 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> boost-cpp-1.72.0 | 19.1 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> glib-2.69.1 | 2.7 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libgdal-3.0.2 | 10.4 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libspatialite-4.3.0a | 2.1 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libnetcdf-4.6.1 | 782 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> openssl-1.1.1l | 1.9 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> hdf4-4.2.13 | 682 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libcurl-7.78.0 | 311 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> jpeg-9d | 250 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> openjpeg-2.3.1 | 373 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libwebp-base-1.2.1 | 692 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> c-ares-1.18.1 | 100 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libdap4-3.19.1 | 1.1 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libpng-1.6.37 | 313 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> xerces-c-3.2.3 | 1.5 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libdeflate-1.7 | 67 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> geos-3.8.0 | 815 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> giflib-5.2.1 | 71 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libgfortran5-9.3.0 | 1.7 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libssh2-1.10.0 | 221 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libcxx-12.0.1 | 1.1 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libopenblas-0.3.18 | 9.0 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> geotiff-1.6.0 | 120 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libnghttp2-1.43.0 | 867 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> zstd-1.5.0 | 583 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libtiff-4.3.0 | 621 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libkml-1.3.0 | 473 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> libcblas-3.9.0 | 12 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> tiledb-2.3.4 | 2.9 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> llvm-openmp-12.0.1 | 287 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> gettext-0.21.0 | 2.6 MB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> curl-7.78.0 | 133 KB |
>> #################################################################################################################################################################################################################################
>> | 100%
>> pixman-0.38.0 | 611 KB |
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>> | 100%
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>> Verifying transaction: done
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>> Referenced from: /Users/idan.miara/opt/miniconda3/lib/libgdal.26.dylib
>> Reason: image not found
>> [1] 76584 abort gdalinfo --version
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