[gdal-dev] gdal installation error on MacOS (libpoppler.91.dylib)
Paul Harwood
runette at gmail.com
Thu Dec 9 04:57:55 PST 2021
I think you would only have conflicts if you tried to use venv and conda in
the same environment/project because you would then end up trying to
use two different Python instances for one project and that will not work
:). You can use them separately on the same machine on a project by project
basis and conda and pip do live together.
On Thu, 9 Dec 2021 at 12:53, Idan Miara <idan at miara.com> wrote:
>
> Thanks for your help!
>
> I realised that since I use pyenv virtualenv then I might have conflicts
> if I also use conda.
> I ended up uninstalling conda and installing gdal with homebrew and pip.
> I will add some notes in the docs for how to avoid the pitfalls I
> encountered.
>
>
> On Tue, 7 Dec 2021 at 13:33, Daniel Scheffler <
> daniel.scheffler at gfz-potsdam.de> wrote:
>
>> If you installed into the base environment, you should rollback it to the
>> last clean revision. Use *conda list --revisions* to see which revision
>> number you need to use. Then use *conda install --revision N* (where N
>> is the revision number).
>>
>> You should also make sure that your conda package resolver is up-to-date
>> before creating a new environment for gdal. Otherwise, it might happen
>> that conda installs an old gdal version. To update it, run *conda update
>> conda* or *conda update --all* in your base environment. Note hat you
>> may have to add *-c conda-forge* to avoid mixing up packages coming from
>> the *main *channel with those from the *conda-forge* channel.
>>
>>
>>
>> Am 07.12.2021 um 12:15 schrieb Paul Harwood:
>>
>> Results like that are usually caused because there is something already
>> in the conda environment that is causing a conflict and I notice that it is
>> installing into /Users/idan.miara/opt/miniconda3 which would usually
>> mean you have installed into the "base" conda environment - which is not
>> usually the best idea.
>>
>> If you try ...
>>
>> conda create --name gdaltest
>> conda activate gdaltest
>> conda install -c conda-forge gdal
>>
>> {noteing that the name "gdaltest" in the first and second lines could be
>> any name for a conda environment that is not already in use}
>>
>> ... I am reasonably sure it will work.
>>
>> Then you just need to use the "gdaltest" environment when you want to use
>> conda.
>>
>> On Tue, 7 Dec 2021 at 09:03, Idan Miara <idan at miara.com> wrote:
>>
>>> Hi all,
>>>
>>> I'm trying to install gdal on MacOS Big Sur via conda.
>>> For some reason it installs v3.0.2, even though v3.4.0 is available.
>>> Also it doesn't run, and gives the following error:
>>>
>>> ~ gdalinfo --version
>>> dyld: Library not loaded: @rpath/libpoppler.91.dylib
>>>
>>> Thanks!
>>> logs are below.
>>>
>>> Kind regards,
>>> Idan
>>>
>>>
>>> conda install -c conda-forge gdal
>>>
>>> Collecting package metadata (current_repodata.json): done
>>> Solving environment: done
>>>
>>> ## Package Plan ##
>>>
>>> environment location: /Users/idan.miara/opt/miniconda3
>>>
>>> added / updated specs:
>>> - gdal
>>>
>>>
>>> The following packages will be downloaded:
>>>
>>> package | build
>>> ---------------------------|-----------------
>>> boost-cpp-1.72.0 | hdf9ef73_0 19.1 MB
>>> conda-forge
>>> bzip2-1.0.8 | h0d85af4_4 155 KB
>>> conda-forge
>>> c-ares-1.18.1 | h0d85af4_0 100 KB
>>> conda-forge
>>> ca-certificates-2021.10.8 | h033912b_0 139 KB
>>> conda-forge
>>> cairo-1.16.0 | hec6a9b0_1003 1.3 MB
>>> conda-forge
>>> certifi-2021.10.8 | py39h6e9494a_1 145 KB
>>> conda-forge
>>> cfitsio-3.470 | h01dc385_7 1.3 MB
>>> conda-forge
>>> conda-4.11.0 | py39h6e9494a_0 16.9 MB
>>> conda-forge
>>> curl-7.78.0 | h7bc2e8c_0 133 KB
>>> expat-2.4.1 | he49afe7_0 143 KB
>>> conda-forge
>>> fontconfig-2.13.1 | h10f422b_1005 271 KB
>>> conda-forge
>>> freetype-2.10.4 | h4cff582_1 890 KB
>>> conda-forge
>>> freexl-1.0.6 | h0d85af4_0 42 KB
>>> conda-forge
>>> gdal-3.0.2 | py39ha6ec53f_1 1.1 MB
>>> geos-3.8.0 | hb1e8313_0 815 KB
>>> geotiff-1.6.0 | h02c1893_0 120 KB
>>> gettext-0.21.0 | h7535e17_0 2.6 MB
>>> giflib-5.2.1 | hbcb3906_2 71 KB
>>> conda-forge
>>> glib-2.69.1 | hdf23fa2_0 2.7 MB
>>> hdf4-4.2.13 | h39711bb_2 682 KB
>>> hdf5-1.10.6 |nompi_hc5d9132_1114 3.1 MB
>>> conda-forge
>>> icu-64.2 | h6de7cb9_1 12.3 MB
>>> conda-forge
>>> jbig-2.1 | h0d85af4_2003 42 KB
>>> conda-forge
>>> jpeg-9d | hbcb3906_0 250 KB
>>> conda-forge
>>> json-c-0.13.1 | h575e443_1002 66 KB
>>> conda-forge
>>> kealib-1.4.14 | h31dd65d_2 156 KB
>>> conda-forge
>>> krb5-1.19.2 | hcfbf3a7_0 1.3 MB
>>> conda-forge
>>> lerc-2.2.1 | h046ec9c_0 164 KB
>>> conda-forge
>>> libblas-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB
>>> conda-forge
>>> libcblas-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB
>>> conda-forge
>>> libcurl-7.78.0 | hb8e4fae_0 311 KB
>>> libcxx-12.0.1 | habf9029_0 1.1 MB
>>> conda-forge
>>> libdap4-3.19.1 | h3d3e54a_0 1.1 MB
>>> libdeflate-1.7 | h35c211d_5 67 KB
>>> conda-forge
>>> libedit-3.1.20191231 | h0678c8f_2 103 KB
>>> conda-forge
>>> libev-4.33 | haf1e3a3_1 99 KB
>>> conda-forge
>>> libgdal-3.0.2 | ha1444b2_1 10.4 MB
>>> libgfortran-5.0.0 |9_3_0_h6c81a4c_23 19 KB
>>> conda-forge
>>> libgfortran5-9.3.0 | h6c81a4c_23 1.7 MB
>>> conda-forge
>>> libiconv-1.16 | haf1e3a3_0 1.3 MB
>>> conda-forge
>>> libkml-1.3.0 | h88bc94a_1012 473 KB
>>> conda-forge
>>> liblapack-3.9.0 |12_osx64_openblas 12 KB
>>> conda-forge
>>> libnetcdf-4.6.1 | hfd9a460_4 782 KB
>>> libnghttp2-1.43.0 | h6f36284_1 867 KB
>>> conda-forge
>>> libopenblas-0.3.18 |openmp_h3351f45_0 9.0 MB
>>> conda-forge
>>> libpng-1.6.37 | h7cec526_2 313 KB
>>> conda-forge
>>> libpq-12.2 | h1b4eb34_1 2.0 MB
>>> libspatialite-4.3.0a | h5142b36_0 2.1 MB
>>> libssh2-1.10.0 | h52ee1ee_2 221 KB
>>> conda-forge
>>> libtiff-4.3.0 | h1167814_1 621 KB
>>> conda-forge
>>> libwebp-base-1.2.1 | h0d85af4_0 692 KB
>>> conda-forge
>>> libxml2-2.9.10 | h53d96d6_0 1.2 MB
>>> conda-forge
>>> llvm-openmp-12.0.1 | hda6cdc1_1 287 KB
>>> conda-forge
>>> lz4-c-1.9.3 | he49afe7_1 155 KB
>>> conda-forge
>>> numpy-1.21.4 | py39h7eed0ac_0 5.8 MB
>>> conda-forge
>>> openjpeg-2.3.1 | h6cbf5cd_3 373 KB
>>> conda-forge
>>> openssl-1.1.1l | h0d85af4_0 1.9 MB
>>> conda-forge
>>> pcre-8.45 | he49afe7_0 220 KB
>>> conda-forge
>>> pixman-0.38.0 | h01d97ff_1003 611 KB
>>> conda-forge
>>> poppler-0.89.0 | h9de36d4_1 1.6 MB
>>> conda-forge
>>> poppler-data-0.4.11 | hd8ed1ab_0 3.6 MB
>>> conda-forge
>>> postgresql-12.2 | h1b4eb34_1 3.3 MB
>>> proj-6.2.1 | h773a61f_0 10.0 MB
>>> conda-forge
>>> python_abi-3.9 | 2_cp39 4 KB
>>> conda-forge
>>> tiledb-2.3.4 | h8370e7a_0 2.9 MB
>>> conda-forge
>>> xerces-c-3.2.3 | h8f8adb3_0 1.5 MB
>>> conda-forge
>>> zstd-1.5.0 | h582d3a0_0 583 KB
>>> conda-forge
>>> ------------------------------------------------------------
>>> Total: 133.2 MB
>>>
>>> The following NEW packages will be INSTALLED:
>>>
>>> boost-cpp conda-forge/osx-64::boost-cpp-1.72.0-hdf9ef73_0
>>> bzip2 conda-forge/osx-64::bzip2-1.0.8-h0d85af4_4
>>> c-ares conda-forge/osx-64::c-ares-1.18.1-h0d85af4_0
>>> cairo conda-forge/osx-64::cairo-1.16.0-hec6a9b0_1003
>>> cfitsio conda-forge/osx-64::cfitsio-3.470-h01dc385_7
>>> curl pkgs/main/osx-64::curl-7.78.0-h7bc2e8c_0
>>> expat conda-forge/osx-64::expat-2.4.1-he49afe7_0
>>> fontconfig conda-forge/osx-64::fontconfig-2.13.1-h10f422b_1005
>>> freetype conda-forge/osx-64::freetype-2.10.4-h4cff582_1
>>> freexl conda-forge/osx-64::freexl-1.0.6-h0d85af4_0
>>> gdal pkgs/main/osx-64::gdal-3.0.2-py39ha6ec53f_1
>>> geos pkgs/main/osx-64::geos-3.8.0-hb1e8313_0
>>> geotiff pkgs/main/osx-64::geotiff-1.6.0-h02c1893_0
>>> gettext pkgs/main/osx-64::gettext-0.21.0-h7535e17_0
>>> giflib conda-forge/osx-64::giflib-5.2.1-hbcb3906_2
>>> glib pkgs/main/osx-64::glib-2.69.1-hdf23fa2_0
>>> hdf4 pkgs/main/osx-64::hdf4-4.2.13-h39711bb_2
>>> hdf5 conda-forge/osx-64::hdf5-1.10.6-nompi_hc5d9132_1114
>>> icu conda-forge/osx-64::icu-64.2-h6de7cb9_1
>>> jbig conda-forge/osx-64::jbig-2.1-h0d85af4_2003
>>> jpeg conda-forge/osx-64::jpeg-9d-hbcb3906_0
>>> json-c conda-forge/osx-64::json-c-0.13.1-h575e443_1002
>>> kealib conda-forge/osx-64::kealib-1.4.14-h31dd65d_2
>>> krb5 conda-forge/osx-64::krb5-1.19.2-hcfbf3a7_0
>>> lerc conda-forge/osx-64::lerc-2.2.1-h046ec9c_0
>>> libblas conda-forge/osx-64::libblas-3.9.0-12_osx64_openblas
>>> libcblas conda-forge/osx-64::libcblas-3.9.0-12_osx64_openblas
>>> libcurl pkgs/main/osx-64::libcurl-7.78.0-hb8e4fae_0
>>> libdap4 pkgs/main/osx-64::libdap4-3.19.1-h3d3e54a_0
>>> libdeflate conda-forge/osx-64::libdeflate-1.7-h35c211d_5
>>> libedit conda-forge/osx-64::libedit-3.1.20191231-h0678c8f_2
>>> libev conda-forge/osx-64::libev-4.33-haf1e3a3_1
>>> libgdal pkgs/main/osx-64::libgdal-3.0.2-ha1444b2_1
>>> libgfortran
>>> conda-forge/osx-64::libgfortran-5.0.0-9_3_0_h6c81a4c_23
>>> libgfortran5 conda-forge/osx-64::libgfortran5-9.3.0-h6c81a4c_23
>>> libiconv conda-forge/osx-64::libiconv-1.16-haf1e3a3_0
>>> libkml conda-forge/osx-64::libkml-1.3.0-h88bc94a_1012
>>> liblapack
>>> conda-forge/osx-64::liblapack-3.9.0-12_osx64_openblas
>>> libnetcdf pkgs/main/osx-64::libnetcdf-4.6.1-hfd9a460_4
>>> libnghttp2 conda-forge/osx-64::libnghttp2-1.43.0-h6f36284_1
>>> libopenblas
>>> conda-forge/osx-64::libopenblas-0.3.18-openmp_h3351f45_0
>>> libpng conda-forge/osx-64::libpng-1.6.37-h7cec526_2
>>> libpq pkgs/main/osx-64::libpq-12.2-h1b4eb34_1
>>> libspatialite pkgs/main/osx-64::libspatialite-4.3.0a-h5142b36_0
>>> libssh2 conda-forge/osx-64::libssh2-1.10.0-h52ee1ee_2
>>> libtiff conda-forge/osx-64::libtiff-4.3.0-h1167814_1
>>> libwebp-base conda-forge/osx-64::libwebp-base-1.2.1-h0d85af4_0
>>> libxml2 conda-forge/osx-64::libxml2-2.9.10-h53d96d6_0
>>> llvm-openmp conda-forge/osx-64::llvm-openmp-12.0.1-hda6cdc1_1
>>> lz4-c conda-forge/osx-64::lz4-c-1.9.3-he49afe7_1
>>> numpy conda-forge/osx-64::numpy-1.21.4-py39h7eed0ac_0
>>> openjpeg conda-forge/osx-64::openjpeg-2.3.1-h6cbf5cd_3
>>> pcre conda-forge/osx-64::pcre-8.45-he49afe7_0
>>> pixman conda-forge/osx-64::pixman-0.38.0-h01d97ff_1003
>>> poppler conda-forge/osx-64::poppler-0.89.0-h9de36d4_1
>>> poppler-data conda-forge/noarch::poppler-data-0.4.11-hd8ed1ab_0
>>> postgresql pkgs/main/osx-64::postgresql-12.2-h1b4eb34_1
>>> proj conda-forge/osx-64::proj-6.2.1-h773a61f_0
>>> python_abi conda-forge/osx-64::python_abi-3.9-2_cp39
>>> tiledb conda-forge/osx-64::tiledb-2.3.4-h8370e7a_0
>>> xerces-c conda-forge/osx-64::xerces-c-3.2.3-h8f8adb3_0
>>> zstd conda-forge/osx-64::zstd-1.5.0-h582d3a0_0
>>>
>>> The following packages will be UPDATED:
>>>
>>> ca-certificates pkgs/main::ca-certificates-2021.7.5-h~ -->
>>> conda-forge::ca-certificates-2021.10.8-h033912b_0
>>> certifi pkgs/main::certifi-2021.5.30-py39hecd~ -->
>>> conda-forge::certifi-2021.10.8-py39h6e9494a_1
>>> conda pkgs/main::conda-4.10.3-py39hecd8cb5_0 -->
>>> conda-forge::conda-4.11.0-py39h6e9494a_0
>>> libcxx pkgs/main::libcxx-10.0.0-1 -->
>>> conda-forge::libcxx-12.0.1-habf9029_0
>>> openssl pkgs/main::openssl-1.1.1k-h9ed2024_0 -->
>>> conda-forge::openssl-1.1.1l-h0d85af4_0
>>>
>>>
>>> Proceed ([y]/n)? y
>>>
>>>
>>> Downloading and Extracting Packages
>>> bzip2-1.0.8 | 155 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> fontconfig-2.13.1 | 271 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> krb5-1.19.2 | 1.3 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> gdal-3.0.2 | 1.1 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> freetype-2.10.4 | 890 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> hdf5-1.10.6 | 3.1 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> proj-6.2.1 | 10.0 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libblas-3.9.0 | 12 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> lerc-2.2.1 | 164 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libgfortran-5.0.0 | 19 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> lz4-c-1.9.3 | 155 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libiconv-1.16 | 1.3 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> icu-64.2 | 12.3 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libedit-3.1.20191231 | 103 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libxml2-2.9.10 | 1.2 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> python_abi-3.9 | 4 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> numpy-1.21.4 | 5.8 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> conda-4.11.0 | 16.9 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> ca-certificates-2021 | 139 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> poppler-0.89.0 | 1.6 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> liblapack-3.9.0 | 12 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> expat-2.4.1 | 143 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> boost-cpp-1.72.0 | 19.1 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> glib-2.69.1 | 2.7 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libgdal-3.0.2 | 10.4 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libspatialite-4.3.0a | 2.1 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libnetcdf-4.6.1 | 782 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> openssl-1.1.1l | 1.9 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> hdf4-4.2.13 | 682 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libcurl-7.78.0 | 311 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> jpeg-9d | 250 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> openjpeg-2.3.1 | 373 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libwebp-base-1.2.1 | 692 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> c-ares-1.18.1 | 100 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libdap4-3.19.1 | 1.1 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libpng-1.6.37 | 313 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> xerces-c-3.2.3 | 1.5 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libdeflate-1.7 | 67 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> geos-3.8.0 | 815 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> giflib-5.2.1 | 71 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libgfortran5-9.3.0 | 1.7 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libssh2-1.10.0 | 221 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libcxx-12.0.1 | 1.1 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libopenblas-0.3.18 | 9.0 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> geotiff-1.6.0 | 120 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libnghttp2-1.43.0 | 867 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> zstd-1.5.0 | 583 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libtiff-4.3.0 | 621 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libkml-1.3.0 | 473 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> libcblas-3.9.0 | 12 KB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> tiledb-2.3.4 | 2.9 MB |
>>> #################################################################################################################################################################################################################################
>>> | 100%
>>> llvm-openmp-12.0.1 | 287 KB |
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